Využití přístroje Piko Thermal Cycler v diagnostice nádorů – Jan RÖSLEIN

Anotace:

Tato bakalářská práce se zabývá potenciálním uplatněním přístroje Piko Thermal Cycler v diagnostice nádorů. K ověření vhodnosti tohoto přístroje byly vybrány vzorky tkáně gastrointestinálního stromálního tumoru. Teoretická část mé bakalářské práce se zabývá charakteristikou gastrointestinálního stromálního tumoru, výčtem metod molekulární biologie uplatňujících se v diagnostice nádorů a deskripcí metodiky založené na použití Piko Thermal Cycler. Gastrointestinální stromální tumor je relativně běžný primární mesenchymální stromální tumor. Lze jej zařadit k tumorům velmi důkladně prozkoumaným i na molekulárně genetické úrovni. Gastrointestinální stromální tumor má prekursory v intersticiálních Cajalových buňkách, či v kmenových buňkách-mesenchymální stromální buňky (MSC). Tento typ tumoru byl vybrán pro ověření použitelnosti metodiky založené na aplikaci Piko Thermal Cycler a Phusion High-Fidelity DNA polymerasy především kvůli významnosti molekulárně biologické analýzy v diagnostice nádorů. Detekce mutací a určení jejich typu v genech tyrosin-kinasových receptorů c-KIT a PDGFRA jsou podstatné pro predikci typu a vývoje tumoru. Umožňují rovněž zvolit nejvhodnější způsob léčby, a to díky efektivitě a dostupnosti cílené terapie gastrointestinálního stromálního tumoru. Experimentální část této práce byla zaměřena na zjištění úspěšnosti amplifikace vybraných exonů genů c-KIT a PDGFRA při použití Piko Thermal Cycleru a eminentní Phusion High-Fidelity DNA polymerasy. Zabývá se také následnou použitelností získaných PCR produktů pro sekvenační analýzu. V diskusi je zhodnocen přínos použití Piko Thermal Cycleru v molekulární diagnostice nádorů. Diskuse se také věnuje hodnocení přínosu metody a jejímu potenciálnímu využití v klinické praxi. …víceméně

Abstract:

This bachelor thesis deals with the potential application of the device of the Piko Thermal Cycler in the diagnosis of tumors. In order to verify the suitability of this equipment have been selected gastrointestinal stromal tumor tissue samples. The theoretical part of this bachelor thesis includes the characteristics of the GIST, by applying the methods of molecular biology in the diagnosis of tumors and description of a methodology based on the use of Piko Thermal Cycler. Gastrointestinal stromal tumor is a relatively commonly found primary mesenchymal stromal tumor. It could be classified as very thoroughly reserached tumors as well as on molecular genetic level. Gastrointestinal stromal tumor has precursors in interstitial Cayal cells, or stem cells - mesenchymal stromal cells. This type of tumor has been selected for verification of application a methodology based on the use of Piko Thermal Cycler and Phusion High-Fidelity DNA polymerase - primarily since the significance of molecular biological analysis. Detection of mutations and specifying their kind in genes c-KIT and PDGFRA is essential to predict the type of tumor and its development. But it is also relevant in treatment options due the availability of targeted therapy of gastrointestinal stromal tumor. In the experimental part of this work has been evaluated success amplification of selected exons genes c-KIT and PDGFRA by using Piko Thermal Cycler and eminent Phusion High-Fidelity DNA polymerase and assessed its subsequent application of PCR products for sequencing analysis. The discussion shall be dedicated to evaluation the benefits of application Piko Thermal Cycler in molecular tumor diagnosis. Discussion is also devoted to evaluation of benefits this particular method and its operational use in clinical diagnostical practice. …víceméně