Detekce fytoplazem pomocí DNA-mikročipu – Bc. Jaroslava MARKOVÁ

Anotace:

Cílem práce bylo optimalizovat metodu detekce fytoplazem pomocí DNA-mikročipu. To zahrnovalo vhodnou metodu izolace genetického materiálu fytoplazmy, vývoj a optimalizaci PCR k namnožení různých skupin fytoplazem, optimalizaci detekce DNA na mikročipu a analýzu sekvencí fytoplazem k návrhu potenciálních lepších prób. PCR byla optimalizována pro sbírkové izoláty, poté i pro přírodní vzorky. Od všech zástupců 16Sr skupin sbírkových izolátů se podařilo získat sekvence a detekovat v nich fytoplazmu pomocí hybridizace. U přírodních vzorků se podařilo detekovat fytoplazmu ve vzorcích řepky olejky (Brassica napus), jetele lučního (Trifolium pretense), třapatky nachové (Echinacea purpurea) a jabloně domácí (Malus domestica). V DNA z hmyzích vektorů to bylo pouze u jediného vzorku s označením 202/6 ze skupiny 16Sr-XII. Sekvence jetele lučního a řepky olejky se shodují s databázovými vzorky skupiny 16Sr-I "Aster yellows". …víceméně

Abstract:

The aim of this thesis was to optimize the method of detection of phytoplasmas using DNA-microarray. It consisted of testing an appropriate method of genetic material isolation, development and optimization of PCR to amplify different groups of phytoplasmas, optimization of detection of DNA at a microarray, and sequence analysis of phytoplasma in order to design more suitable probes. PCR was first optimized for collection isolates, then also for natural samples. All 16Sr groups from the collection were sequenced and phytoplasmas were detected in them by hybridization. Phytoplasmas were detected also in natural samples: oilseed rape (species Brassica napus), red clover (Trifolium pretense), purple coneflower (Echinacea purpurea), and apple tree (Malus domestica). Using the DNA from insect vectors, only sample 202/6 from the group 16Sr-XII was positive. The sequence of red clover and oilseed rape correspond with the database samples in the group 16Sr-I "Aster yellows". …víceméně