Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF.

Aronová, Marika

EN SKPřihlásit se Přihlásit se (EduID)

Theses 7wpqyy

Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. – Bc. Marika Aronová

Bc. Marika Aronová

Diplomová práce

Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF.

Identification of edible mushrooms by MALDI-TOF mass spectrometry

Anotace:

Identifikace hub je v současné době omezena na porovnávání podle morfologických znaků, což vyžaduje zkušeného mykologa, nebo na identifikaci na základě analýzy DNA, která taktéž vyžaduje odbornost pracovníků, a navíc je finančně i časově náročná. Identifikace pomocí MALDI nabízí levnou, rychlou a snadnou alternativu. Jedná se hmotnostní spektrometrii, kdy jsou rozlišována specifická hmotnostní spektra proteinů organismu. Princip určování druhů pomocí MALDI spočívá ve vytvoření knihovny referenčních spekter pro daný druh, případně kmen. Spektra neznámého vzorku jsou porovnány s knihovnou a program vyhodnotí shodu, která je vyjádřena logaritmickým skóre 0 – 3. Metoda je v praxi používána v mikrobiologii pro identifikaci bakterií, kvasinek a vláknitých hub, ovšem metody identifikace vyšších hub pomocí MALDI ještě nejsou zcela prozkoumány a pro identifikaci není standartní postup přípravy vzorku a nejsou dostupné knihovny referenčních spekter hub. V této diplomové práci byla vytvořena domácí knihovna ze spekter 56 známých kmenů hub rodu Pleurotus. Kmeny náležely 9 druhům. Nejdříve byla provedena optimalizace extrakční metody, kdy byly vyhodnoceny jako nejvhodnější přípravy vzorku: extrakce etanolem a kyselinou mravenčí shomogenizací voscilačním mlýně, a přímý přenos na destičku. Všechny vzorky byly analyzovány oběma způsoby a následně byly vytvořeny dvě knihovny. Na základě shlukové analýzy byla zřetelná rozlišitelnost druhů v obou případech. Aplikovatelnost MALDI na identifikaci na druhové úrovni byla úspěšně ověřena identifikací slepých vzorků. Referenční spektra knihoven byla mezi sebou porovnána a byla zjišťována kompatibilita spekter získaných ze dvou metod přípravy vzorku, při porovnání spekter došlo ke 100% úspěšnosti správného určení druhu a 51 % správného určení kmenu. Metoda MALDI je vhodná pro identifikaci hub rodu Pleurotus na druhové úrovni. Nejlepším protokolem přípravy vzorku je přímý přenos buněk na destičku, což metodu činí ještě rychlejší a levnější. Další výhodou je, že je přímý přenos buněk použitelný i v případě, že by knihovna referenčních spekter hub nabízená komerčními systémy MALDI biotyperu byla tvořena spektry získanými ze vzorků extrahovaných kyselinou mravenčí. …více

Abstract:

The identication of mushrooms is currently limited to comparisons based on morphological features, whitch requires an experienced mycologist. Other option is an identification based on DNA analysis, whitch also requires skilled workers, these methods are expensive and time consuming. MALDI identification offers a cheap, fast and easy alternative. It is mass spektrometry based on specific protein spektra of organism, The principle of MALDI biotyping consists in creating a library of reference spektra for species or strain, the spektra of an unknown sample are compared with the library and the program calculate similarity, which is expressed by a logarithmic score of 0-3. The method is used in practice inmicrobiology for the identification of bacteria, yeast and filamentous fungi. The indentification of mushrooms by MALDI has not been fully investigated and the sample preparation protocol is not optimalized for the method and there are not available libraries of reference spektra of mushrooms. In this diploma thesis was created a in-house database of the spektra of 56 known strains of the genus Pleurotus, whitch belonged to 9 species. First, the optimization of the extrakction was performed, where we evaluated as the most suitable sample preparation: extraction with ethanol and formic acid with homogenization in an oscillating mill, and direct thransfer of cells to the target – intact cell. All samples were analyzed by both methds and two libraries were created. Based on a cluster analysis, the difference of species in both protocols was clear.The applicability of MALDI for identification at the species level was succesfully verified by the identification of blank samples. The reference spektra of the libraries were compared with each other and the compatibility of the spektra obtained from two sample preparation protocols was determined.When compared the spektra, there was a 100% success of the correct determination of the species and a % of the correct determination of the strain. The MALDI method is suitable for identification of fungi of the genus Pleurotus at the species level, a sufficient and in fact the best protocol for sample preparation is intact cell transfer to the target, which makes the method even faster and cheaper. Another advantage is that intact cell transfer is usable even if the library of refence spektra offered by commercial MALDI biotyper systems would be obtained from the samples extracted with formic acid. …více

Klíčová slova

MALDI-TOF Pleurotus jedlé houby biotyper

Keywords

MALDI-TOF Pleurotus edible mushroom biotyper

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 7. 2020

Obhajoba závěrečné práce

Vedoucí: Ing. Matěj Božik

Citační záznam

Citovat tuto práci

Citace dle ISO 690:

ARONOVÁ, Marika. \textit{Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF.}. Online. Diplomová práce. Praha: Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů. 2020. Dostupné z: https://theses.cz/id/7wpqyy/.

@MastersThesis{Aronova2020thesis,
AUTHOR = "Aronová, Marika",
TITLE = "Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. [online]",
YEAR = "2020 [cit. 2024-07-19]",
TYPE = "Diplomová práce",
SCHOOL = "Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojůPraha",
NOTE = "SUPERVISOR: Ing. Matěj Božik",
URL = "https://theses.cz/id/7wpqyy/",
}

@MastersThesis{Aronova2020thesis,
AUTHOR = {Aronová, Marika},
TITLE = {Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF.},
YEAR = {2020},
TYPE = {Diplomová práce},
INSTITUTION = {Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů},
LOCATION = {Praha},
SUPERVISOR = {Ing. Matěj Božik},
URL = {https://theses.cz/id/7wpqyy/},
URL_DATE = {2024-07-19},
}

{{Citace kvalifikační práce
 | příjmení = Aronová
 | jméno = Marika
 | instituce = Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů
 | titul = Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF.
 | url = https://theses.cz/id/7wpqyy/
 | typ práce = Diplomová práce
 | vedoucí = Ing. Matěj Božik
 | rok = 2020
 | počet stran =
 | strany =
 | citace = 2024-07-19
 | poznámka =
 | jazyk = 
}}

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce

Zveřejněno v Theses:

světu

Jak jinak získat přístup k textu

Instituce archivující a zpřístupňující práci: Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Odkaz na adresář do lokálního úložiště instituce

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Magisterský studijní program / obor:
Výživa a potraviny / Výživa a potraviny

Práce na příbuzné téma

Žádné práce na příbuzné téma.

Název

Vložil

Vloženo

Práva

Theses 7wpqyy 7wpqyy/2

25. 7. 2020

Složky

Soubory

thesis zaverecna_prace.pdf

Mach, J.

25. 7. 2020

Co je jinak přidání souboru

Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
Co je jinak další operace se soubory

Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
Co je jinak pohled pro experty

Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
Co je nové vyhledávání souborů

Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
Co je nové rychlý přístup k souborům

Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.
Co se chystá

Připravujeme další vylepšení pro mobilní zařízení.

Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. – Bc. Marika Aronová

Bc. Marika Aronová

Diplomová práce

Identifikace jedlých hub pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF.

Identification of edible mushrooms by MALDI-TOF mass spectrometry

Anotace:

Abstract:

Klíčová slova

Keywords

Obhajoba závěrečné práce

Citační záznam

Citace dle ISO 690:

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce

Jak jinak získat přístup k textu

Česká zemědělská univerzita v Praze

Práce na příbuzné téma

Složky

Soubory

Co je jinak přidání souboru

Co je jinak další operace se soubory

Co je jinak pohled pro experty

Co je nové vyhledávání souborů

Co je nové rychlý přístup k souborům

Co se chystá