Genomy chromeridních řas – Mgr. Jan MICHÁLEK

Abstract:

This work is mainly focused on the annotation of genomes of an important group of alveolate algae, which are the closest known phototrophic relatives of sporozoan parasites. The analysis is aimed to annotate their mitochondrial and nuclear genomes and search for biosynthetic pathways essential for sporozoans by combining the in-silico approach with supportive experiments. The initial study describes mitochondrial genomes of Chromera velia and Vitrella brassicaformis and models their unprecedently divergent respiratory chains. The following study summarizes the general characteristics of nuclear genomes of the two chromerids, highlights main genomic features shared with apicomplexan parasites, and traces the evolutionary transitions from the phototrophic ancestor to the obligate apicomplexan parasites. The study was completed by a comprehensive biochemical, genetic, and evolutionary analyses of fatty acid biosynthesis in chromerids. …víceméně

Abstract:

Tato práce se zabývá anotací genomů významné skupiny alveolátních řas, které jsou nejbližšími příbuznými parazitů ze skupiny sporozoa (výtrusovci). Analýza, kombinující in-silico přístup s experimenty, je zaměřena na popis jejich mitochondriálních genomů a hledání biosyntetických drah, které jsou životně důležité pro sporozoa. Úvodní studie popisuje mitochondriální genomy řas Chromera velia a Vitrella brassicaformis a navrhuje model jejich neobvykle divergentních dýchacích řetězců. Následující studie shrnuje celkový popis jaderných genomů obou druhů chromerid s důrazem na vlastnosti sdílené s parazity z řad výtrusovců a jde po stopách evolučních proměny fototrofního předchůdce v dnešní obligátní parazity. Studie je zakončena zevrubnou biochemickou, genetickou a evoluční analýzou biosyntézy mastných kyselin v chromeridních řasách. …víceméně