Dávkové zpracování v DNA analyzéru – Patrik Novotný

Anotace:

Tato bakalářská práce se bude zabývat dávkovým zpracováním dat v rámciaplikace DNA analyzátoru. Na úvod je vhodné uvést základní informace hlavníchpojmech: dávkové zpracování a DNA analyzátor. Dávkové zpracování je způsob jakýmse zpracovávají data. Data se načítají v dávce o určitém počtu, zpracují sea následně se v dávce zapisují. Tím že se čte a zapisuje více dat v jeden okamžik,snižuje se režie na čtení a zápis. Příkladem může být, pokud čteme data z databáze,zpracujeme je a následně znovu zapisujeme do databáze. Pokud se data čtou a zapisujípo jedné položce je k dané operaci přidaná další režie. Když by se při čtení načítávíce položek a při zápisu se jich více zapisuje, tak se tím sníží průměrná režie na jednu položku. Také se v rámci dávkového zpracování zkoumá stav dávky, zda proběhlaúspěšně, neúspěšně, zda ještě probíhá, nebo nebyla ještě ani spuštěna. DNAanalyzátor je aplikace, která pomáhá zkoumat struktury DNA, pracuje v oblastibioinformatiky. Cílem analyzátoru je poskytnout bezplatný a uživatelsky přívětivýnástroj pro studium vlastností DNA. Analyzátor je vyvíjen na ústavu informatikyMendelovy Univerzity v Brně ve spolupráci s Akademií věd České Republiky. …víceméně

Abstract:

This bachelor thesis will deal with batch processing of data within the scope ofDNA analyzer application. At the start, it is a good idea to provide basic informationon the main concepts: batch processing and DNA analyzer. Batch processing is theway data is processed. Data is read in a certain number, processed and then writtenin batch. By reading and writing more data in one moment, the read and writeoverheads are reduced. For example, if we read data from a database, process it andthen re-write it to the database. If data is read and written by one item, additionaloverhead is added to the operation. If multiple items are read while reading, andmore is written when writing, this will reduce the average overhead per item. Also,the batch status examines whether the batch has been run successfully, failed, isstill running, or has not yet started. DNA Analyzer is an application that helpsinvestigate DNA structures, working in bioinformatics. The aim of the analyzer isto provide a free and user-friendly tool for studying DNA properties. The analyzer isdeveloped at the Institute of Informatics of Mendel University in Brno in cooperationwith the Academy of Sciences of the Czech Republic. …víceméně