Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium

Andrýsová, Adéla

EN SKPřihlásit se Přihlásit se (EduID)

Theses w6ndwc

Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium – Adéla Andrýsová

Adéla Andrýsová

Bakalářská práce

Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium

Description of new species of the genus Bifidobacterium

Anotace:

Mikrobiální společenstva jsou definována jako seskupení mikroorganismů na určitém místě, u nichž dochází k jejich vzájemnému ovlivňování. Střevní mikrobiota se podílí nejen při tvorbě a stimulaci imunitního systému svého hostitele, ale i v udržení střevní homeostázy, ochraně před patogeny a rozkladu složek potravy. Běžnou součástí střevní mikrobioty bývají komenzální bifidobakterie, které se vyskytují v gastroinestinálním traktu většiny savců a hmyzu. Jejich značné zastoupení bylo detekováno zejména ve střevech primátů. Právě proto je střevní mikrobiota opic velký a velice pestrý ekosystém a je vhodná pro další zkoumání a hledání potencionálně nových druhů. Cílem této bakalářské práce bylo vytvořit literární rešerši o dynamicky se rozvíjejícím rodu Bifidobacterium a o metodickém postupu při popisu jeho potenciálně nových druhů. Dále se v rámci praktické části také podílet na fenotypové a genotypové charakterizaci při popisu nového druhu. Tyto charakterizace byly provedeny u pěti vybraných bifidobakteriálních izolátů z novosvětských opic s potencionálem nového druhu. Kmeny N50, N74, N97, N115 a GLT066 byly izolovány z tamarína sedlového (Saguinus fuscicollis), tamarína vousatého (Saguinus imperator), tamarína bělovousého (Saguinus mystax), tamarína žlutorukého (Saguinus midas) a lvíčka zlatého (Leontopithecus rosalia). Jejich příslušnost k Bifidobacterium spp. byla potvrzena detekcí fruktóza-6-fosfátfosfoketolázy a sekvenací genu 16S rRNA. U všech izolátů bylo dále prokázáno, že patří do skupiny Gram-pozitivních bakterií. V rámci morfologické analýzy byly shledány jako nepohyblivé, nesporulující, nepravidelné tyčinky variabilních tvarů. Konkrétně buňky kmenů N50, N74, N97 a GLT066 vykazovaly typicky bifidní tvar tyčinek, byly krátké nebo dlouhé, na konci zaoblené, tvaru V a Y, zatímco kmen N115 měl buňky stočené do klubíček. Kultivační znaky byly u všech kmenů jednotné. Kolonie vykultivované na povrchu agaru byly bílé, hladké, lesklé a kruhové s celistvými okraji, zatímco kolonie rostoucí v agaru byly bílé, drobné, čočkovité nebo eliptické. V rámci testování fyziologických znaků byly kmeny N115 a GLT066 shledány jako striktně anaerobní, zatímco kmeny N50, N74 a N97 byly schopny růst i za mikroaerofilních podmínek. Z hlediska vztahu k teplotě byla pro všechny kmeny bifidobakterií jako optimální teplota růstu stanovena 37 °C. Konkrétně kmeny N50 a N97 velmi dobře rostly za rozpětí teplot 30–46 °C a kmen N74 při 30–37 °C, zatímco kmeny N115 a GLT066 pouze při teplotě 37 °C. Z hlediska vztahu k pH byla jako optimální hodnota pro všechny kmeny stanovena hodnota 6,5. Kmen N50 velmi dobře rostl v rozmezí pH 6,0–9,0, kmen N74 v pH 6,5–9,0 a kmen GLT066 v pH 6,0–7,5, zatímco kmeny N97 a N115 rostly dobře pouze při hodnotě pH 6,5. Výjimku při testování představoval kmen N115. Pro jeho další charakterizace tedy bude nezbytné jeho otestování znovu i ve větších objemech za stabilnějších podmínek. U všech analyzovaných kmenů byly potvrzeny převážně typické bifidobakteriální vlastnosti. Do budoucna budou provedeny ještě další analýzy dle doporučených minimálních standardů pro popis nového taxonu, které jsou nezbytné pro popis nového druhu bifidobakterie. …více

Abstract:

Microbial communities are defined as assemblages of microorganisms in a particular location that interact with each other. The gut microbiota is involved not only in the maturation and stimulation of the host’s immune system, but also in maintaining intestinal homeostasis, protection against pathogens, and the breakdown of food components. A common component of the gut microbiota is the commensal bifidobacteria found in the gastrointestinal tract of most mammals and insects. Their significant abundance has been detected especially in the intestines of primates. Thus, the gut microbiota of monkeys, a large and highly diverse ecosystem, is suitable for further investigation and a search for potentially novel species. The aim of this thesis was to create a literature search on the dynamically developing genus Bifidobacterium and on the methodological approach to describe its potentially novel species. Then to participate in the phenotypic and genotypic characterization in the description of the new species as part of the practical part. These characterizations were performed on five selected Bifidobacterium isolates from New World monkeys with new species potential. Strains N5O, N74, N97, N115 and GLT066 were isolated from brown-mantled tamarin (Saguinus fuscicollis), emperor tamarin (Saguinus imperator), moustached tamarin (Saguinus mystax), golden-handed (Saguinus midas) and golden lion tamarin (Leontopithecus rosalia). Their affiliation to Bifidobacterium spp. was confirmed by the detection of fructose-6-phosphate phosphoketolase and 16S rRNA gene sequencing. All isolates were further shown to belong to the group of Gram-positive bacteria. In morphological analysis, they were found to be immobile, non-sporulating, irregular rods of variable shapes. In particular, the cells of strains N50, N74, N97 and GLT066 showed typical bifid rod shapes, short or long, rounded at the end, V- and Y-shaped, while strain N115 had cells curled into a skein. The culture characteristics were uniform in all strains. Colonies cultured on the agar surface were white, smooth, glossy and circular with entire edges, whereas colonies growing in agar were white, small, lenticular or elliptical. In physiological trait testing, strains N115 and GLT066 were found to be strictly anaerobic, while strains N50, N74 and N97 were able to grow under microaerophilic conditions. In terms of the relationship to temperature, 37 ˚C was found to be the optimum growth temperature for all bifidobacterial strains. Specifically, strains N50 and N97 grew very well at 30–46 °C and strain N74 at 30–37 °C, while strains N115 and GLT066 only grew at 37 °C. Regarding the relationship with pH, a pH value of 6.5 was determined as the optimum for all strains. Strain N50 grew very well in the pH range 6.0-9.0, N74 in the pH 6.5-9.0 and GLT066 in the pH 6.0-7.5, while strains N97 and N115 grew well only at the pH 6.5. The exception in the testing was strain N115.I It will be necessary to test it again in larger volumes under more stable conditions for its further characterisations. All analyzed strains showed mostly typical bifidobacterial characteristics. Further analyses will be performed in the future according to the recommended minimum standards necessary for describing new bifidobacterial taxon. …více

Klíčová slova

mikrobiom kultivace bifidobakterie fenotypová a genotypová charakterizace

Keywords

microbiome cultivation bifidobacteria phenotypic and genotypic characterization

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 4. 2023

Obhajoba závěrečné práce

Obhajoba proběhla 22. 5. 2023
Vedoucí: Ing. Nikol Modráčková, Ph.D.
Oponent: Tereza Kodešová, Ing.

Citační záznam

Citovat tuto práci

Citace dle ISO 690:

ANDRÝSOVÁ, Adéla. \textit{Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium}. Online. Bakalářská práce. Praha: Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů. 2023. Dostupné z: https://theses.cz/id/w6ndwc/.

@misc{Andrysova2023thesis,
AUTHOR = "Andrýsová, Adéla",
TITLE = "Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium [online]",
YEAR = "2023 [cit. 2024-07-30]",
TYPE = "Bakalářská práce",
SCHOOL = "Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojůPraha",
NOTE = "SUPERVISOR: Ing. Nikol Modráčková, Ph.D.",
URL = "https://theses.cz/id/w6ndwc/",
}

@misc{Andrysova2023thesis,
AUTHOR = {Andrýsová, Adéla},
TITLE = {Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium},
YEAR = {2023},
TYPE = {Bakalářská práce},
INSTITUTION = {Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů},
LOCATION = {Praha},
SUPERVISOR = {Ing. Nikol Modráčková, Ph.D.},
URL = {https://theses.cz/id/w6ndwc/},
URL_DATE = {2024-07-30},
}

{{Citace kvalifikační práce
 | příjmení = Andrýsová
 | jméno = Adéla
 | instituce = Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů
 | titul = Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium
 | url = https://theses.cz/id/w6ndwc/
 | typ práce = Bakalářská práce
 | vedoucí = Ing. Nikol Modráčková, Ph.D.
 | rok = 2023
 | počet stran =
 | strany =
 | citace = 2024-07-30
 | poznámka =
 | jazyk = 
}}

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce

Zveřejněno v Theses:

světu

Jak jinak získat přístup k textu

Instituce archivující a zpřístupňující práci: Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Odkaz na adresář do lokálního úložiště instituce

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Bakalářský studijní program:
Výživa a potraviny

Práce na příbuzné téma

Anabaena - Phenotypic and genotypic diversity of planktonic strains in fishponds and reservoirs of the Czech Republic
Eliška ZAPOMĚLOVÁ
Fenotypová a genotypová charakterizace izolátů Plesiomonas shigelloides pocházejících z různých geografických oblastí
Vendula Koublová
Fenotypová a genotypová charakterizace multi-hostitelských druhů bifidobakterií
Kateřina Štivarová
Molekulární a fenotypová charakterizace vybraných HvMPK3 knockout a HvMPK3 nadprodukčních transgenních linií ječmene
Eva TREJTNAROVÁ
Molekulární a fenotypová charakterizace vybraných HvMPK3 knockdown a HvMPK3 nadprodukčních transgenních linií ječmene
Jiřina HAVRÁNKOVÁ
Fenotypová a genotypová charakterizace bifidobakterií
Nikol Modráčková
Fenotypová identifikace a charakterizace PHA producentů
Iveta Rektoříková
Fenotypová charakterizace a příprava annexinových mutantů Arabidopsis thaliana pomocí Multiplex CRISPR/Cas9 metody
Kateřina HEGEROVÁ

Všechny práce

Název

Vložil

Vloženo

Práva

Theses w6ndwc w6ndwc/2

22. 4. 2023

Složky

Soubory

thesis zaverecna_prace.pdf_

Mach, J.

23. 4. 2023

Co je jinak přidání souboru

Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
Co je jinak další operace se soubory

Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
Co je jinak pohled pro experty

Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
Co je nové vyhledávání souborů

Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
Co je nové rychlý přístup k souborům

Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.
Co se chystá

Připravujeme další vylepšení pro mobilní zařízení.

Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium – Adéla Andrýsová

Adéla Andrýsová

Bakalářská práce

Popis nového druhu v rámci rodu Bifidobacterium

Description of new species of the genus Bifidobacterium

Anotace:

Abstract:

Klíčová slova

Keywords

Obhajoba závěrečné práce

Citační záznam

Citace dle ISO 690:

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce

Jak jinak získat přístup k textu

Česká zemědělská univerzita v Praze

Práce na příbuzné téma

Složky

Soubory

Co je jinak přidání souboru

Co je jinak další operace se soubory

Co je jinak pohled pro experty

Co je nové vyhledávání souborů

Co je nové rychlý přístup k souborům

Co se chystá