Bc. Anna JELINKOVÁ

Diplomová práce

Příspěvek elektrostatických interakcí ke stabilitě komplexů proteinů s DNA

Contribution of electrostatic interactions to the stability of protein-DNA complexes
Abstract:
Ačkoliv silová pole (empirické potenciály) poskytují vysokostandardní simulace, parametry popisující elektrostatické interakce mezi nabitými rezidui, jako fosfáty a kationty, jsou nadhodnocené. Tato práce byla zaměřena na studium elektrostatických interakcí v rámci komplexů proteinů s DNA pomocí simulací molekulové dynamiky, prováděné v silovém poli OL21 na setu vybraných komplexů. Byly zkou-mány efekty …více
Abstract:
While various force fields (empirical potentials) provide high-standard simulations, the parameters describing electrostatic interactions between charged residues, such as phosphates and cations, are known to be overestimated. This thesis was focused on studying electrostatic interactions within protein-DNA complexes by performing molecular dynamics simulation in OL21 force field on set of such complexes …více
 

Keywords

molekulová dynamika molekulová mechanika silové pole empirický potenciál protein DNA solný můstek interakce OL21 AMBER CUFIX fosfátová modifikace
 
Jazyk práce: angličtina
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 5. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

  • Vedoucí: doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.

Citační záznam

Citovat tuto práci
Jak správně citovat práci

JELINKOVÁ, Anna. Příspěvek elektrostatických interakcí ke stabilitě komplexů proteinů s DNA. Olomouc, 2023. diplomová práce (Mgr.). UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI. Přírodovědecká fakulta

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:
  • světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI, Přírodovědecká fakulta
https://stag.upol.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=291777 Odkaz na soubor do lokálního úložiště instituce

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fyzika / Molekulární biofyzika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Theses yacyw8 yacyw8/2
15. 5. 2023
Složky
Soubory
thesis DP-Jelinkova_Anna.pdf
MARKLOVÁ, E.
16. 5. 2023

  • Co je jinak přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Co je jinak další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Co je jinak pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Co je nové vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Co je nové rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.

  • Co se chystá

    Připravujeme další vylepšení pro mobilní zařízení.