Odvodenie PCR markerov špecifických pre B chromozóm ciroku Sorghum purpureo-sericeum a ich využitie pre selekciu B-pozitívnych jedincov

Natália HARNÁDKOVÁ

Bakalářská práce

Development of PCR markers specific for the B chromosome in Sorghum purpureosericeum and their application in screening for B-positive individuals

Anotace:

B chromozómy sú nadpočetné chromozómy nachádzajúce sa v rastlinách, živočíchoch a hubách. Typickým znakom je, že sa ich prenos neriadi mendelovskou dedičnosťou, preto sa ich počet môže líšiť v rámci jedincov toho istého druhu aj v rámci pletív toho istého jedinca. Sorghum purpureo-sericeum je planý diploidný druh, ktorý disponuje týmito chromozómami, a u ktorého bola preukázaná ich prítomnosť iba v generatívnych orgánoch. Cieľom tejto práve bolo odvodiť PCR špecifické markery, ktoré by vykazovali špecifickosť v prostredí Direct PCR s možnosťou ich využitia pri detekcii B chromozómu v endosperme a selekcii B-pozitívnych jedincov. Pre experiment bolo navrhnutých celkovo 29 párov primerov špecifických pre B chromozóm, ktoré boli testované na DNA jedincoch vybraných líniách izolovaných tromi rôznymi kitmi. Testovanie pomocou metódy PCR preukázalo špecifickosť 2 markerov. Bohužiaľ však ani jeden marker nebo špecifický v prostredí Direct PCR a pre detekciu B chromozómu v endosperme tak bude nutné použiť alternatívny prístup izolácie DNA z limitovaného množstva pletiva.

Abstract:

The B chromosomes are supernumerary chromosomes that have been found in plants, animals and fungi. Typically their transmission is not governed by Mendelian inheritance, so their number may vary within individuals of the same species, as well as within the tissues of the same individual. Sorghum purpureo-sericeum is a wild diploid species carrying this kind of chromosomes and their presence has been proven almost exclusively in generative organs. The aim of the thesis was to develop B-specific PCR markers that would reliably work in Direct PCR with application in detection of the B chromosome in the endosperm and selection of B-positive individuals. A total of 29 pairs of B-specific primers were designed for the experiment and tested in selected lines. Out of all, 2 markers were found to be B-specific. Nevertheless, non of them did not target B chromosome sequence reliably in Direct PCR and alternative approach of mini DNA isolation have to be used to detect the B chromosome in endosperm.

Klíčová slova

cirok, Sorghum purpureo-sericeum, B chromozóm, špecifické markery, PCR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 5. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Miroslava Karafiátová, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie