Zjemnění Delaunayovy triangulace molekulárních struktur

Bc. Pavel Němec

Diplomová práce

Refinement of Delaunay Triangulation of Molecular Structures

Anotace:

Tato práce se zabývá algoritmy pro analýzu proteinových struktur, jež mají uplatnění především při vývoji nových léků. Konkrétně se práce věnuje metodám pro výpočet proteinových tunelů založených na principu Delaunay triangulace a míře znepřesnění, kterou se aplikací těchto metod dopouštíme. Tento typ algoritmů totiž implicitně předpokládá, že velikosti všech atomů v molekule jsou si rovny. Navrženy jsou proto dva algoritmy, které rozšíří Delaunayovu triangulaci takovým způsobem, aby výsledné trajektorie tunelů reflektovaly různé velikosti atomových poloměrů. Jeden z navržených algoritmů je implementován do prostředí programu Mole vyvíjeného Národním centrem pro výzkum biomolekul spolu s~Katedrou fyzikální chemie Přírodovědecké fakulty v Olomouci. V závěru práce je diskutována míra zpřesnění trajektorií tunelů a smysluplnost použití navrženého algoritmu v programu Mole.

Abstract:

This thesis is about algorithms for analyzing protein structure which is useful especially for medical purposes. This thesis is focusing especially on methods for finding tunnels in proteins based on Deluanay triangulation. The main problem of this kind of methods is assumption that all atoms are the same size. In this thesis there are designed two methods for extension of Deluanay triangulation so as resulting tunnels contain infrmation about different sizes of atoms. One of this method is implemented into Mole. Mole is softwere for analyzing protein structures developed by National centre for biomolecular research and department of physical chemistry at Palacky University in Olomouc.

Klíčová slova

Delaunay triangulace, Voroného diagram, zjemnění triangulace Delaunay, aproximace, tunely, proteiny, molekuly

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2012
• Vedoucí: RNDr. David Sehnal, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika