Struktura a dynamické vlastnosti porfyrinových agregátů v roztoku

Jitka VYSLOUŽILOVÁ

Bakalářská práce

Anotace:

Tato bakalářská práce je motivována zajímavými, avšak nejasnými experimentálními daty o 3,4,5-TEG-TPP porfyrinu získanými pomocí UV/VIS a NMR měření a zaměřuje se na zkoumání stability struktury a dynamických vlastností těchto sloučenin pomocí počítačových simulací. Kromě přehledu základních molekulárně mechanických technik jsou pomocí molekulárně dynamických simulací sestaveny, relaxovány a propagovány věrné modely solvatovaných molekul, jejich dimerů a agregátů. Nakonec jsou na vzorkovaných trajektoriích vypočtena optická a magnetická spektra a porovnána s experimentálními daty. Celkově práce demonstruje využití výpočetních a experimentálních přístupů při studiu chování konkrétních porfyrinů ve vodném prostředí a přináší podnětné poznatky týkající se těchto systémů.

Abstract:

Motivated by interesting yet puzzling experimental data on 3,4,5-TEG-TPP porphyrin obtained by UV/VIS and NMR measurements, this bachelor thesis focuses on exploring the structure stabilities and dynamical properties of these compounds by means of computer simulations. Besides reviewing the basic molecular mechanical techniques, the accurate models of solvated molecules, their dimers, and aggregates are built, relaxed, and propagated by molecular dynamics simulations. Finally, the optical and magnetic spectra are computed on the sampled trajectories and compared to the experimental data. Overall, the thesis demonstrates the utilization of computational and experimental approaches by investigating the behavior of specific porphyrins in aqueous environments and brings insightful findings related to these systems.

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 4. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Zdeněk Futera, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biofyzika / Biofyzika