Vývoj webového rozhraní programu CAVER pro výpočet tunelů v proteinech

Bc. Jan Sládek

Bakalářská práce

Interface of the CAVER program for tunnel computing in protein structures

Anotace:

Tato práce se zabývá vývojem webového rozhraní pro novou verzi programu CAVER, který slouží k vyhledávání tunelů v molekulách proteinů. Rozhraní umožní uživateli načíst z databáze strukturu proteinu a specifikovat parametry pro výpočet tunelů. Dále poskytne uživateli výsledky formou zaslání mailu a připraví výstupní data pro možnost jejich zobrazení pomocí grafického rozhraní. V práci je také popsána anlýza daného úkolu. V ní jsou uvedeny všechny zvažované prostředí a nástroje vhodné pro řešení projektu. Hlavní přínos práce spočívá v prezentaci nové verze programu na internetu. Je navržena tak, aby ji bylo možné rozšířit o vizualizační část. Usnadní uživatelům používání nástroje pro výpočet tunelů a přidává několik nových možností. K implementaci projektu byla použita technologie Google Web Toolkit, která se ukázala jako nejvhodnější nástroj pro tvorbu moderní webové aplikace. Představuje vhodné prostředí pro přidání grafického modulu, který by měl zajistit vizualizační část projektu. Pro reálné nasazení projektu, je nutno dokončit vizualizační část.

Abstract:

This bachelor thesis is dealing with developing of web application interface for new version of CAVER program, which was made for computing tunnels in protein molecules. Interface enables user to upload protein structure from databse and set entry parametres for tunnel counting. Counted results will be sent to user via email and prepare output for visualisation in grafical interface. Analysis of problem, containing all available tools that can be used to handle and solve project, is also depicted in thesis. Internet presentation of new version of program is main aim of thesis. Solution is designed to be able to connect graphical interface within it. Makes users easier to use computing tool and add some new features. Using of Google Web Toolkit technolgy turned out to be the best way of developing web aplication. To Run projekt in realtime is required the graphical module.

Klíčová slova

CAVER, J2EE, GWT, Google Web Toolkit, Java, JavaScript, AJAX, RPC, Servlet, HttpServlet, server, aplikační server, PDB, CSA, RIA

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2007

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2007
• Vedoucí: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika