Použití metody MLPA pro stanovení nebalancovaných změn genomu

Miroslava KŘÍHOVÁ

Bachelor's thesis

Using MLPA method for determining unbalanced changes in genome

Abstract:

Nebalancované přestavby chromosomů nebo-li nevyvážené přestavby jsou změny spojené s přítomností nadbytečného určitého chromosomového úseku, nebo se naopak jedná o jeho absenci. MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification) je metoda založená na PCR (Polymerase Chain Reaction) principu, která ale na místo cílových sekvencí amplifikuje MLPA sondy, které se na tyto cílové sekvence hybridizují a následně je při ligaci spojují. Při MLPA je použit pouze jeden pár PCR primerů. V teoretické části se zabývám představením MLPA metody a v krátkosti i dalších metod využívaných v diagnostice lékařské genetiky např. PCR, FISH (Fluorescence in situ hybridization), Array CGH (Comparative genomic hybridization). Taky jsem zde uvedla nemoci, které jsou nebalancovanými přestavbami způsobené a některé z nich i více popsala a to konkrétně mentální retardaci a mutaci genu BRCA1,2 (Breast cancer). Praktickou část jsem prováděla v Laboratoři molekulární biologie a genetiky v Nemocnici České Budějovice a.s. a to konkrétně pod vedením pana Mgr. Ondřeje Scheinosta. Zde jsem se zabývala provedením metody MLPA u konkrétních pacientů, kvůli diagnostice BRCA1,2 genu, mikrodelečních syndromů (mentální retardace) nebo subtelomerických delecí. Vše jsem dělala pod odborným dohledem vedoucího této práce a ostatních pracovníku laboratoře. Všechny postupy byly provedeny podle standartních operačních postupů. V další části této práce se zabývám interpretací výsledků a jejich srovnáním s ostatními dostupnými metodami. A v neposlední řadě se v této části mé práce zabývám rozvahou nad rozdílnými přístupy statistické analýzy v rámci MLPA.

Abstract:

Unbalanced chromosomal structural changes are connected with the presence of supernumerary particular part of chromosome, or the chromosome is absenting. MLPA is a method based on PCR principal, which amplifies MLPA probes, not the target sequences. MLPA probes hybridize to target sequences and then ligate them. Only one pair of primers is used. In the theoretical part the MLPA method is presented. Additionally, other diagnostics method of clinical genetic are mentioned (for example PCR, FISH, Array CGH). Diseases caused by unbalanced chromosomal structural changes are disscused too. Mental retardation and BRCA 1, 2 mutation were the main topic. The experimental part took place in Molecular Biology and Genetics Laboratory in the hospital in České Budějovice. I did my experiments under professional care of Mgr. Ondřej Scheinost and his colleagues. The aim of using MLPA method was to diagnose BRCA 1, 2 gene, microdeletion syndroms or subtelomeric deletions. All procedures were done according to standards. The final part of my thesis is concerned on the results interpretation and their comparation with other methods. I also thought over different approach of statistical analysis in MLPA.

Keywords

PCR, FISH, Array CGH, MLPA, BRCA1, 2 gen, mikrodeleční syndromy, subtelomerická delece

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 8. 2015

Accessible from:: 10. 8. 2015

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Ondřej Scheinost

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Studies

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician