DNA diagnostika norovirů

Bc. Petra Janovská

Master's thesis

DNA diagnostics of Noroviruses

Anotácia:

Noroviry jsou skupina neobalených jednořetězcových RNA virů patřících do rodu Norovirus z čeledi Caliciviridae. Noroviry jsou antigenně a geneticky velmi různorodá skupina virů. Noroviry jsou nejběžnější příčinou epidemií u jednotlivých případů akutních gastroenteritid. Jsou vysoce infekční a jejich infekční dávka představuje 18 – 1000 virionů. Přenos je zprostředkováván buď přímým kontaktem, tedy z osoby na osobu, nebo nepřímo prostřednictvím kontaminované vody, potravin, nebo z životního prostředí. Nejčastější způsob přenosu norovirů je fekálně-orální cestou, zahrnující přenos z osoby na osobu a přenos prostřednictvím kontaminovaných předmětů. Cílem této diplomové práce byl návrh a vývoj DNA diagnostické metody založené na metodice real-time PCR, umožňující detekci nejčastějších původců akutní gastroenteritidy u lidí. V této práci byla navržena a optimalizována metoda pro diagnostiku GII norovirů metodou RT-qPCR na přístroji LightCycler® 480. Potencionální detekční limit navržené metody je méně než 2,5 × 102 kopií plazmidové DNA obsažené v reakční směsi. V rámci praktické části byla také provedena izolace RNA ze vzorků vod s využitím komerčně dostupného kitu PowerWater® RNA Isolation Kit (Mo-Bio, USA). Izolovaná RNA ze vzorků vod byla využita pro experimentální testování metody. Všechny testované vzorky vody byly negativní na přítomnost GII norovirů.

Abstract:

Noroviruses are the group of nonenveloped single-stranded RNA viruses classified into the genus Norovirus of the family Caliciviridae. Noroviruses are antigenically and genetically very diverse group of viruses. Noroviruses are the most commonly identified cause of epidemic in individual cases of acute gastroenteritis. They are highly infectious and their infectious dose is 18 – 1,000 virus particles. The viruses can be transmitted by direct contact, i. e. by person-to-person contact, or indirectly via contaminated water, food, or from the environment. The most common way of noroviruses transmission is fecal-oral way including person-to-person and transmission through contaminated objects The aim of this thesis was the design and development of DNA diagnostic method based on the methodology of real-time PCR, which will enable detection of the most common cause of acute gastroenteritis in humans. In this work was designed and optimized diagnostic method for the detection GII noroviruses by RT-qPCR on the LightCycler ® 480 (Roche, Germany). The potential detection limit of the proposed diagnostic method is less than 2.5 × 102 copies of the plasmid DNA contained in the reaction mixture. In the practical part RNA from water samples using a commercially available kit PowerWater ® RNA Isolation Kit (Mo-Bio, USA) was also isolated. RNA isolated from water samples was used for experimental testing of the prototype kit. All the tested water samples were negative for the presence of GII noroviruses.

Kľúčové slová

Norovirus, skupiny příbuzných virů v rámci rodu (angl. genogroup) GI a GII, diagnostická metoda, RT-qPCR. Norovirus, genogroups GI and GII, diagnostic method, RT-qPCR

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 6. 2014
• Vedúci: prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Analytical Biochemistry