Srovnávací analýza vybraných proteinů podílejících se na syntéze a opravách DNA

Bc. Anna KABOTOVÁ

Master's thesis

The comparison analysis of chosen proteins taking part on DNA synthesis and repair

Abstract:

Předkládaná diplomová práce se zabývá srovnávací analýzou proteinů účastnících se syntézy a oprav DNA. Analyzovány byly proteiny UNG2, NTH1, RPA32, PCNA, MCM7, DNA polymeráza a CDC45. Proteiny byly analyzovány z hlediska proteinového obsahu pomocí metody western blot v jaderných lyzátech nádorových buněčných linií, linii rostoucích a senescentních diploidních fibroblastů a imortalizované diploidní buněčné linie. Obsah jednotlivých proteinů byl současně analyzován v celobuněčných lyzátech dvou vybraných buněčných linií. V práci byla dále porovnána aktivita uracilových DNA glykosyláz v jednotlivých buněčných liniích a byla provedena imunofluorescenční lokalizace proteinů v buněčné linii HeLa. Výsledky práce ukázaly, že se obsah jednotlivých proteinů mezi testovanými nádorovými buněčnými liniemi lišil. Korelativní analýza ukázala pozitivní korelaci mezi DNA glykosylázami UNG2 a NTH1 a rovněž mezi replikačními proteiny RPA32 a MCM7. Tento trend byl potvrzen i v rámci celkového porovnání všech testovaných buněčných linií. Současně provedená korelativní analýza mezi obsahem proteinu UNG2 a aktivitou uracilových DNA glykosyláz v testovaných buněčných liniích rovněž prokázala pozitivní korelaci mezi sledovanými parametry. Srovnání obsahu proteinů u celobuněčných a jaderných lyzátů ukázalo na podobný obsah u téměř všech sledovaných proteinů. Rozdíl byl zjištěn pouze v případě proteinu UNG2 a PCNA. Porovnání obsahu proteinů u diploidních fibroblastů IMR-90 a imortalizovaných buněk hTERT RPE-1 ukázalo, že rychle proliferující imortalizované buňky měly obsah všech proteinů vyšší než buňky diploidní.

Abstract:

The master thesis submitted is focused on a comparative analysis of proteins participating in the DNA synthesis and repair. The following proteins were analysed: UNG2, NTH1, PCNA, MCM7, DNA polymerase , and CDC45. The protein content was measured in the nuclear lysates of the cancer cell lines, growing and senescent diploid fibroblasts, and immortalized diploid cell line using the western blot method. The protein content was also analysed in the whole cell extracts of the two chosen cell lines. Further, the uracil glycosylase activity in all the tested cell lines was compared. Last, the immunofluorescence localisation of the studied proteins in HeLa cell line was performed. The results of the thesis showed that the protein content differs among the analysed cancer cell lines. The correlative analysis showed positive correlation between the DNA glycosylases UNG2 and NTH1 and also between the replication proteins RPA32 and MCM7. This trend was confirmed by the comparison of all the cell lines tested. The simultaneously performed correlative analysis of UNG2 content and uracil DNA glycosylases activity showed the positive correlation between the tested parameters as well. The comparison of the protein content the in whole cell extracts and the nuclear extracts showed the similar content in almost all of the proteins analysed. The difference was only in the case of protein UNG2 and PCNA. Finally, the analysis of the protein content in the diploid fibroblasts IMR-90 and immortalized diploid hTERT RPE-1 cells showed that the rapidly proliferating immortalized cells had higher content of all the analysed proteins than the diploid cells.

Keywords

Syntéza a oprava DNA, western blot, aktivita uracilových DNA glykosyláz, immunofluorescence, obsah proteinů

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2024

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Anna Ligasová, PhD.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Molecular and Cell Biology / Molecular and Cell Biology