Knihovna derivátů sacharidů určená pro virtuální screening

Bc. Markéta Vacková

Bakalářská práce

Library of Saccharide Derivatives Targeted to Virtual Screening

Anotace:

Virtuální screening je oblast molekulového modelování založená na testování velkého množství molekul na základě jejich fyzikálně-chemických vlastností. Účelem je nalézt vhodnou sadu sloučenin s nejlepšími předpoklady pro stabilní interakci ve vazebném místě proteinu se známou 3D strukturou. Ve virtuálním screningu na lektiny mohou být také používány látky na bázi sacharidů. Lektiny jsou proteiny, které při zablokování vazebného místa vhodným ligandem mohou být výbornými antibiotiky. Za tímto účelem byla vytvořena databáze substitučních derivátů sacharidů připravených pro virtuální screening. Byl napsán program vypisující požadované deriváty ve 2D notaci. 2D formáty byly následně převedeny do 3D, optimalizovány a byly jim přiřazeny náboje, které jsou nezbytné pro virtuální screening. Celkem bylo vytvořeno 1 503 378 substitučních derivátů pyranosového skeletu glukosy.

Abstract:

Virtual screening is a part of molecular modeling methods based on testing a set of molecules on their physical and chemical properties. The purpose is to find an appropriate set of compounds with the best presumption for a stable interaction with the binding site of a protein which has known 3D structure. Virtual screening can be used to study interactions of carbohydrate - based compounds with lectins. Lectins are proteins which act like excellent antibiotics when their binding site is blocked by appropriate ligand. The goal of this project is to create a database of carbohydrates' substitute derivatives for virtual screening. A program that lists required derivatives in 2D notation was designed. 2D formats were then converted to 3D, optimized and partial charges, necessary for virtual screening, were added. 1 503 378 of pyranose - skeleton substitute derivatives of glucose were created.

Klíčová slova

glukosa, substituce, databáze, virtuální screening, glucose, substitution, database, virtual screening

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2011
• Vedoucí: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Stanislav Kozmon, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika