Vytvorenie platformy pre rýchlu identifikáciu medzidruhových krížencov tráv.

Bc. Andrea SLÁVIKOVÁ

Master's thesis

Platform development for rapid identification of intergeneric grass hybrids.

Abstract:

Trávy s čeľade Poaceae sú hojne využívané ako kvalitné krmivo pre hospodárske zvieratá a používajú sa aj na výsadbu trávnikov, okrasné účely a hrajú zásadnú úlohu v ochrane životného prostredia. Medzi najvyužívanejšie rody patrí kostrava a mätonoh vďaka ich hospodársky významným vlastnostiam. Tieto vlastnosti kombinuje ich kríženec Festulolium: toleranciu na biotický a abiotický stres z kostravy a výnosnosť mätonohu. V súčasnej dobe sa Festulolium komerčne používa a na trhu sa objavuje veľké množstvo odrôd tohto kríženca. Avšak genómová konštitúcia týchto odrôd je veľmi premenlivá a často sa líši v rámci jednej odrody. Táto práca je zameraná na identifikáciu markerov pre rýchlu a jednoduchú identifikáciu medzidruhových krížencov tráv, aby boli dostupné v šľachtiteľských staniciach. Prvá časť tejto práce opisuje dôležité informácie o hospodársky významných druhoch kostravy a mätonohu a ich medzidruhových krížencoch. Pozornosť je venovaná metódam použitých pre identifikáciu a charakterizáciu genómového zloženia Festulolium. Ďalej v práci nasleduje popis laboratórnej práce. Navrhla som 60 párov primerov z dostupných sekvencií DArT markerov a ich druhovú špecifickosť som overila v rámci 36 odrôd Festuca a Lolium pomocou metódy PCR. Našla som dva primery špecifické pre rod Lolium, ktoré by mohli byť použité na identifikáciu prvej generácie krížencov Festulolium. Produkty u 6 vybraných párov primerov boli osekvenované u dvoch diploidných odrôd za účelom identifikácie SNP markerov pomocou HRM metódy.

Abstract:

Grasses from Poaceae family are widely used as high quality feed for livestock and are also used for lawns and ornamental and play an essential role in protecting of environment. The most common genera include fescues and ryegrasses due to their agricultural features. Moreover, high yield and nutrition characteristics of ryegrasses and tolerance to biotic and abiotic stresses of fescues can be combined by intergeneric hybridization. Number of Festulolium (Festuca x Lolium) cultivars has been developed in several breeding stations and are of increasing popularity among farmers. However, their genomic constitution is highly variable within and among cultivars. This study aims to identify markers for quick and easy identification of interspecific grass hybrids, so that they are employable in breeding stations. The first part of this thesis describes the most agriculturally important members of fescues and ryegrasses and their hybrids. Attention is paid to the methods used for identification and characterization of genomic composition of Festulolium. It is followed by the description of practical lab work. I designed 60 primer pairs from available sequences of DArT markers and verify their species-specifity within 85 cultivars of Festuca and Lolium by the PCR method. I found two markers which are Lolium-specific and can be lately used for identification of Lolium genome in first generations of Festulolium hybrids. Moreover, products from 6 primer pairs were sequenced in two diploid varieties to identify SNP markers by HRM method.

Keywords

DArT markery, kostrava, mätonoh, Festulolium, PCR amplifikácia

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2014

Accessible from:: 30. 4. 2014

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. David Kopecký, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology