Molekulární charakteristika Little cherry virus 1 v genových zdrojích meruněk

Bc. Veronika ŠEVČÍKOVÁ

Master's thesis

Molecular characterization of Little cherry virus 1 in apricot germplasm

Abstract:

Diplomová práce je zaměřena na molekulární charakteristiku Little cherry virus 1 (LChV1), původce virového onemocnění Little cherry disease. V teoretické části jsou nejprve uvedeny základní informace o čeledi Closteroviridae, rodu Velarivirus, do kterých je LChV1 taxonomicky zařazen, a také o viru samotném. Dále je teoretická část zaměřena na molekulární a genetickou charakteristiku LChV1, ve které jsou podrobně popsány jednotlivé čtecí rámce ORF. V práci jsou popsány biologické vlastnosti viru jako hostitelský okruh, příznaky, způsob přenosu a vliv infekce na výnos. LChV1 napadá pouze rostliny z rodu Prunus, na kterých je možné pozorovat typické příznaky jako zakrslost a tvarové a barevné změny na listech a plodech. Virus je celosvětově rozšířen, především v oblastech komerčního pěstování peckovin. Podrobnější geografické rozšíření LChV1 je popsáno v jedné z kapitol. Na závěr jsou popsány možné způsoby detekce viru a jeho genetická variabilita. Experimentální část je zaměřena na získání celogenomických sekvencí vybraných izolátů LChV1, pocházejících z meruněk (Prunus armeniaca). Byly stanoveny téměř celogenomické sekvence pro izoláty Apr153, Apr156, Apr161 a Apr172. Současně byla potvrzena genetická variabilita LChV1.

Abstract:

The diploma thesis is focused on the molecular characteristics Little cherry virus 1 (LChV1), the causer of viral disease Little cherry disease. In the theoretical part, the basic information about the family Closteroviridae, genus Velarivirus, into which LChV1 is taxonomically included, and the virus itself are mentioned at first. Further, the theoretical part is focused on the molecular and genetic characteristics of LChV1, in which individual ORF reading frames are described in detail. In the thesis the biological characteristics are described, like the host range, symptoms, the mode of transmission and the effect of the infection on the yield. LChV1 infects only plants of the genus Prunus, on which typical symptoms such as dwarfism and shape and color changes on leaves and fruits can be observed. The virus is distributed worldwide, especially in areas involving the commercial cultivation of stone fruits. The more detailed geographical distribution of LChV1 is described in one of the chapters. In the end, possible ways of detection of the virus and its genetic variability are described. The experimental part is focused on the obtaining fullgenomic sequences of chosen isolates LChV1, originated from apricots (Prunus armeniaca). Almost complete fullgenomic sequences of isolates Apr153, Apr156, Apr161 and Apr172 were determinated. At the same time, the genetic variability of LChV1 was confirmed.

Keywords

Little cherry virus 1, Little cherry disease, Prunus, P. armeniaca, ORF, genetická variabilita

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 26. 4. 2018

Thesis defence

• Supervisor: prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology