Bioinformatická analýza hypobiózy u larev Teladorsagia circumcincta

Bc. Marie Jankůjová

Bachelor's thesis

Bioinformatic analysis of hypobiosis in Teladorsagia circumcincta larvae

Anotácia:

Teladorsagia circumcincta je hlístice parazitující v žaludku domácích i divokých přežvýkavců. Při nepříznivých podmínkách je schopná reagovat stavem hypobiózy. Jedná se o způsob pozastavení vývoje, který může být podobný velmi prozkoumanému stavu dauer larva hlístice Caenorhabditis elegans. Tato práce se zaměřuje na analýzu genové exprese u larev T. circumcincta indukovaných k hypobióze pomocí mikročipové techniky. Výsledky byly porovnávány s daty ze hmotnostní spektrometrie. Daf geny, které spouštějí nebo inhibují transformaci do dauer larva, se podle výsledků z analýzy mikročipu, ale i z hmotnostní spektrometrie na hlavní regulaci hypobiózy podílí pravděpodobně jen minimálně. V rámci fylogenetické analýzy byly odhaleny největší rozdíly v nukleotidových sekvencích daf genů parazitujicích a volně žijících druhů. Tyto změny mohou vysvětlit rozdíly v hypobióze a dauer larvě.

Abstract:

Teladorsagia circumcincta is a nematode parasitizing in the stomach of domestic and wild ruminants. Under unfavourable conditions, T. circumcincta is able to respond with hypobiosis. It is a way of arrested development, which can be similar to the very explored dauer larva in C. elegans nematode. This thesis is aimed at gene expression analysis in T. circumcincta larvae induced to hypobiosis with microarray technique. The results were compared with mass spectrometry data. According to results from microarray and mass spectrometry, daf genes that initialize or inhibit a transformation into dauer larva, are probably concerned with main regulation of hypobiosis only minimal. The phylogenetic analysis revealed the biggest changes in nucleotide sequences of daf genes between parasitic and free-living species. These changes can explain differences between hypobiosis and dauer larva.

Keywords

Teladorsagia circumcincta, hypobióza, daf geny, microarray, hmotnostní spektrometrie, fylogenetická analýza, hypobiosis, daf genes, mass spectrometry, phylogenetic analysis

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2016
• Vedúci: Mgr. Jan Oppelt

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Chemoinformatics and Bioinformatics