Vyhledávání polymorfismů a mutací u pacientů s parkinsonismem pomocí metodiky masivního paralelního sekvenování

Bc. Kristýna KOLAŘÍKOVÁ

Diplomová práce

Searching for polymorphisms and mutations in Parkinson´s disease patients using massive parallel sequencing

Anotace:

Parkinsonismus je hned po Alzheimerově chorobě nejčastější neurodegenerativní onemocnění v populaci. Konkrétní příčina zůstává stále nejasná a předpokládá se zapojení celé řady faktorů. Významný vliv mají bezesporu mutace v genech souvisejících s mitochondriálně řízenou apoptózou, detoxikací buněk aj. Společný znak je jeden - ubývání dopaminergních neuronů v oblasti středního mozku vedoucí k mnoha klinickým projevům. Pro tuto práci byly vybrány geny, které jsou dle literatury asociované s parkinsonismem a pomocí masivního paralelního sekvenování, platformou Ion Torrent, byly osekvenovány. Poté byly vybrány konkrétní nalezené varianty k ověření jejich přítomnosti pomocí Sangerova sekvenování. U exonových mutací byl predikován jejich možný klinický dopad pomocí dostupných bioinformatických nástrojů.

Abstract:

Parkinsonism together with Alzheimer disease belong to the most common neurodegenerative diseases in general population. Particular cause stays unknown and lots of factors are presumed to be involved in the pathogenesis. Major contribution is assigned to mutations of genes involved in mitochondrial mediated apoptosis, cells detoxication etc. Common feature is degradation of dopaminergic neurons in the location of midbrain, leading to many clinical displays. Genes, according to literature associated with parkinsonism, were chosen for this study. These were scanned by massively parallel sequencing, platform Ion Torrent. Then, the most "interesting" variants were chosen for verification of their presence using Sangers´s sequencing. Concerning exon mutations, there was their functional impact predicted by available bioinformatical algorithms.

Klíčová slova

sporadický a familiární parkinsonismus, dopaminergní neurony, geny spojené s parkinsonismem, mitochondriální dysfunce, oxidativní stres

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 5. 2016

Zveřejnit od: 2. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. Mgr. Radek Vodička, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie