Optimization of bioinformatic pipeline for analysis of ITS regions using Illumina technique to determine composition and diversity of molds and yeasts in stool

Bc. Hana Vanovčanová

Bachelor's thesis

Abstract:

Je známo, že střevní mikrobiom hraje zásadní roli ve zdraví svého hostitele. Zatímco analýza bakteriálních sekvenačních dat se stala rutinně prováděnou praxí, analýza sekvencí hub a jejich ITS regionů dosud nebyla optimalizována. V této práci jsou porovnány tři pipeliny, z nichž jedna byla vyvinuta pro analýzu 16s rRNA a dvě, které byly vytvořeny speciálně pro analýzu oblastí ITS. Tato bakalářská práce si klade za cíl najít optimální způsob analýzy vzorků hub sekvenovaných pomocí sekvenační techniky Illumina a zavést jej do infrastruktury skupiny Zpracování a analýza sekvenačních dat RECETOX.

Abstract:

The gut microbiome is known to play a vital role in its host’s health. While the analysis of bacterial sequenced data has become a routinely done practice, the analysis of fungal sequences and their ITS regions has not yet been optimised. In this thesis, three pipelines are compared, one of which has been developed for the analysis of 16s rRNA and two which were created specifically for the analysis of ITS regions. This bachelor’s thesis aims to find an optimal way to analyse fungal samples sequenced using the Illumina sequencing technique and introduce it to the infrastructure of the Sequence Data Processing and Analysis Group of RECETOX.

Keywords

mikrobiom, mykobiom, sekvenování, bioinformatické pipeliny, microbiome, mycobiome, sequencing, NGS, bioinformatics pipelines

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 18. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 29. 6. 2022
• Supervisor: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
• Reader: PhD Stanislav Mazurenko

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Computational biology and biomedicine / Biomedical bioinformatics