Polymorfizmus v genu pro katalytický řetězec gama fosforylázy b kinázy a jeho asociace s ukazateli kvality vepřového masa

Bc. Elli Blomberg

Master's thesis

Polymorphism in the gamma phosphorylase b kinase catalytic chain gene and its association with pig meat quality indicators.

Anotácia:

V diplomové práci se zabývám problematikou polymorfismu genu PHKG1 a jeho asociací s ukazateli kvality vepřového masa u prasat plemene české bílé ušlechtilé. Gen PHKG1 (NCBI Gene ID: 397548) je kandidátním genem pro kvalitu vepřového masa. Cílem diplomové práce je zkoumání variability genu PHKG1 v populaci prasat plemene české bílé ušlechtilé a analyzovat jejich asociaci s ukazateli kvality vepřového masa. Mezi ukazateli kvality u jedinců zkoumané populace bylo měřeno: pH měřeny po 24 hodinách, elektrická vodivost, barva (svalové zarudnutí, světlost, žlutost), odkap (%), sušina (%), tuk (g), tuk (%). Literární přehled popisuje obecné informace o prasatech, jejich genomu a karyotypu, genu PHKG1 a vlivu polymorfismu g.8283C>A na metabolismus glykogenu a kvalitu vepřového masa. V praktické části jsou použity molekulárně-genetické metody jako PCR, elektroforéza a štěpení restrikčním enzymem. Výsledky jsou zpracovány pomocí programu R Studio. Zobecněným lineárním modelem byla spočítána asociační analýza a taky frekvence alel a genotypů, korelace.

Abstract:

The thesis discussed the problem of polymorphism of the gene PHKG1 and its association with pork quality indicators in pigs of the breed Czech white noble. The PHKG1 gene (NCBI gene id:397548) is a candidate gene for pork quality. The aim of the thesis was to study the variability of the PHKG1 gene in the population of pigs of the Czech white noble breed and to analyze their association with pork quality indicators. Among the quality indicators in the subjects of the studied population, the following were measured: pH measured after 24 hours, electrical conductivity, color (muscle redness, lightness, yellowness), draught (%), dry matter (%), fat (g), fat (%). The literary review describes general information about pigs, their genome and karyotype, gene the literary preface describes general information about pigs, their genome and karyotype, PHKG1 gene and the influence of polymorphism g.8283C>A on glycogen metabolism and pork quality. In the practical part, molecular genetic methods such as PCR, electrophoresis, restriction enzyme cleavage were used. The results were processed using the R Studio program. The frequencies of alleles and genotypes, correlations, and association analysis were calculated using a generalized linear model.

Kľúčové slová

PHKG1, SNP, Sus scrofa, Kvalita masa, Asociační analýza, Kapacita zadržování vody, Fosforylasa kinasa

Keywords

SNP, Sus scrofa, Meat quality, PHKG1, Phosphorylase kinase, Association analysis, Water holding capacity

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 4. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 6. 2022
• Vedúci: prof. Ing. Tomáš Urban, Ph.D.
• Oponent: Petr Humpolíček, externi

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / odbor:
Animal Breeding / Animal Biotechnology