Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu brodiví u marabu afrického (Leptoptilos crumeniferus)

Martina PAPRSKÁŘOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Ciconiiformes in Marabou Stork (Leptoptilos crumeniferus)

Abstract:

Marabu africký (Leptoptilos crumeniferus) je velký mrchožravý pták patřící do řádu brodiví (Ciconiiformes) žijící v subsaharské Africe. I když je to velmi rozšířený druh, nebyly u něj prozatím popsány žádné polymorfní mikrosatelitové lokusy. V teoretické části této bakalářské práce jsem se zabývala zpracováním informací o řádu brodiví (Ciconiiformes), čeledi čápovití (Ciconidae) a marabu africkém. Toto je obsahem první kapitoly. Dále jsem hledala informace o partnerských vztazích mezi ptáky. Poté jsem sbírala materiály o rozptýlené a tandemově repetitivní DNA. Věnovala jsem se popisu satelitů, minisatelitů a mikrosatelitů. Poslední kapitola teoretické části této bakalářské práce je věnována analýze mikrosatelitových lokusů. V experimentální části jsem hledala polymorfní mikrosatelitové lokusy metodou cross-species PCR amplifikace mikrosatelitových primerů. Otestovala jsem všechny páry primerů odvozených od druhů z řádu brodiví (Ciconiiformes), potápky (Podicipediformes) a potáplice (Gaviiformes) a několik párů primerů odvozených od druhů z řádu dlouhokřídlí (Charadriiformes), vrubozobí (Anseriformes) a tučňáci (Sphenisciformes). Z celkového počtu 187 mikrosatelitových párů primerů jsem nalezla 29 polymorfních. Celkem 28 mikrosatelitových párů primerů bylo odvozeno od druhů z řádu brodiví. Jeden polymorfní mikrosatelitový lokus byl amplifikován pomocí páru primerů navrženého pro druh z řádu dlouhokřídlí. Tři páry primerů poskytly PCR amplifikací dva mikrosatelitové lokusy a jeden pár primerů poskytl tři polymorfní mikrosatelitové lokusy. Počel alel se pohyboval mezi 2?8.

Abstract:

Marabou Stork (Leptoptilos crumeniferus) is a large vulture bird belonging to the order of Ciconiiformes that lives in sub-Saharan Africa. Although this is a very widespread species, no polymorphic microsatellite loci were described for him so far. In the theoretical part of my bachelor thesis I dealt with processing information about the order Ciconiiformes, family Ciconidae and the Marabou Stork. This is the content of the first chapter. I also found information about the relationships among birds. Then I collected materials about the tandem and interspersed repetitive DNA. I also wrote the description of the satellites, minisatellites and microsatellites. The last chapter of theoretical part of my bachelor thesis is devoted to the analysis of microsatellite loci. In the experimental part, I looked for polymorphic microsatellite loci by cross-species PCR amplification of microsatellite primers. I tested all primer pairs derived from species belonging to orders Ciconiiformes, Podicipediformes and Gaviiformes and several primer pairs derived from species of the order Charadriiformes, Anseriformes and Sphenisciformes. I found 29 polymorphic microsatellite primer pairs of the total 187 tested. A total of 28 microsatellite primer pairs were derived from species of the order Ciconiiformes. Only one polymorphic microsatellite locus was amplified using primer pair derived from the order Charadriiformes. Three pairs of primers PCR amplification amplified two microsatellite loci and one primer pair amplified three polymorphic microsatellite loci. Number of alleles per locus ranged from 2 to 8.

Keywords

cross-species PCR amplifikace, mikrosatelity, Marabu africký, brodiví

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 23. 4. 2012

Accessible from:: 23. 4. 2012

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology