Použitelnost kosterního materiálu pro izolaci jaderné DNA

Bc. Jana Zelinková, Ph.D.

Master's thesis

Application of human skeletal material for isolation of nuclear DNA

Abstract:

Nalezené lidské kosterní pozůstatky představují ve fyzické antropologii jeden z hlavních zdrojů informací o minulosti lidských populací a jejich kultur. Vedle morfologických a morfometrických metod se v současné době stále více využívá možnosti získat hledané informace prostřednictvím DNA, izolované pomocí metod molekulární biologie přímo z kostních tkání. Předložená práce se zabývá právě touto možností. Jejím cílem je zjistit, které kosti a jejich části jsou nejvhodnější pro odběr vzorků a následnou izolaci jaderné DNA. Izolace byla provedena na kosterním a zubním materiálu z období novověku, středověku a pravěku ze všech kostí zkoumaných lidských koster, a to z kompaktní i houbovité části kosti, a následně byly porovnány výtěžky DNA ze zkoumaného materiálu. Výsledky ukáže porovnání jednotlivých výtěžků DNA. Data byla získána prostřednictvím spektrofotometrie a statisticky vyhodnocena. Největší výtěžek DNA byl získán z pravěkého materiálu. Vzhledem k tomu, že pravěký jedinec se značně lišil od ostatních dvou zkoumaných jedinců, kteří poskytli statisticky velmi podobné výsledky, je pravděpodobné, že se jednalo spíše o kontaminaci vzorku. I když celkový průměr výtěžku DNA získaných z kompakty je o něco vyšší než ze spongiosy, nebyl zjištěn mezi oběma skupinami dat statisticky významný rozdíl. Ten by se mohl ukázat při zkoumání větší skupiny vzorků. Práce je rozdělena na část teoretickou a experimentální. V teoretické části jsou shrnuty současně dostupné poznatky z anatomie, histologie, tafonomie, antropologie a molekulární biologie týkající se dané problematiky, část experimentální obsahuje popis postupu a použitých metod, zjištěné výsledky a jejich statistické zhodnocení. V závěru práce jsou shrnuty výsledky izolace DNA.

Abstract:

The aim of this study is to find which parts of bones from human skeletal material are the most suitable for taking of samples and subsequent isolation of nuclear DNA. Three human skeletons finding at burial ground were used for this work. This materiel descends from modern period, Middle ages and primeval ages, vevry skeleton is from one period. The samples were taking from compact bone and spongy bone. Amount of nuclear DNA from individual bones will be compared. On the basic of obtain results will be recomended the most suitable places for taking to samples and processing of burial grounds during archeological excavations. It is important to say that these isolations are very difficult because the ancient DNA yields to degradation during long time and we often obtain only small fragments of DNA, which are not suitable for next analyses. To know the best places for taking samples for DNA isolation can increase probability of obtaining sufficiency amount of DNA which will be suitable for next amplifications.

Keywords

DNA, kosterní materiál, zubní materiál, anatomie, histologie, tafonomie, molekulární biologie, antropologie, spektrofotometrie

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 5. 2009

Thesis defence

• Date of defence: 25. 6. 2009
• Supervisor: doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Anthropology / Anthropology