Studium interakcí DNA-protein pomocí "footprintingu"

Bc. David ŽIHALA

Master's thesis

Study of the DNA-protein interactions by means of footprinting

Anotácia:

Cílem práce bylo zavedení metody zvané footprinting v podmínkách laboratoře molekulární biologie Ostravské univerzity v Ostravě. Tato metoda je využívána zejména pro studium interakce proteinů s DNA. Původním plánem bylo uskutečnit DNA footprinting s proteinem p53 a plazmidem pJW1, který je schopný tvořit DNA kvadruplexy. Nicméně se v tomto návrhu vyskytla řada problémů, a proto byl plazmid pJW1 nahrazen proteinem pPGM1, který obsahuje konsensní sekvenci pro protein p53. Samotný footprinting nakonec nebyl nikdy uskutečněn z důvodu nízké intenzity fluorescence proužků na gelu při štěpení studovaného fragmentu DNA DNázou I.

Abstract:

The aim of this thesis was to establish a method called footprinting for laboratory conditions of molecular biology at the University of Ostrava. Footprinting is utilized especially for the analysis of DNA-protein interactions. The initial plan of this thesis was to implement DNA footprinting with protein p53 and plasmid pJW1 which can make DNA quadruplexes. This plan was anyway quite problematic, so the plasmid pJW1 was changed with plasmid pPGM1 which contains p53CON sequence. Footprinting was never realized because of low fluorescence intensity of bands on the gel after cleavage studied DNA by DNase I.

Kľúčové slová

footprinting, protein p53, DNA kvadruplexy, fluorescence, DNáza I

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 27. 4. 2015

Zverejniť od: 27. 4. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 19. 5. 2015
• Vedúci: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Experimental Biology