Využití digitální PCR pro detekci mikroRNA v tělních tekutinách pacientů s nádorovým onemocněním

Bc. Petra Veselá

Bachelor's thesis

Usage of digital PCR for detection of microRNAs in body fluids of solid cancer patients

Abstract:

MikroRNA jsou krátké nekódující regulační RNA významně zapojené do patofyziologie velké řady onemocnění, včetně malignit. Jednotlivé typy nádorových onemocnění vykazují charakteristické expresní profily mikroRNA nejen v tkáních, ale také v tělních tekutinách, což z miRNA činí ideální biomarkery. MikroRNA v tělních tekutinách nabízí možnosti neinvazivní diagnostiky, jejich množství je však nižší ve srovnání s tkáňově specifickými mikroRNA, proto je třeba zvolit dostatečně citlivé metody pro jejich detekci. Nejčastěji využívanou metodou je kvantitativní real-time PCR, která však nemusí být dostatečně reprodukovatelná při měření mikroRNA o velmi nízkých koncentracích a potýká se s problematickou normalizací dat. Vhodnější metodu by mohla představovat digitální PCR. Cílem práce je srovnat metody kvantitativní PCR a digitální PCR pro detekci cirkulujících mikroRNA u pacientů s nádorovým onemocněním a poskytnout přehled a porovnání všech komerčně dostupných technologií využívajících koncept digitální PCR.

Abstract:

MicroRNAs are short non-coding regulatory RNA molecules that play key role in pathophysiology of several diseases, such as cancer. Many types of human cancer show characteristic expression profiles of different microRNAs that are present not only in tissues, but also in body fluids, which makes them ideally suited as biomarkers. Circulating microRNAs enable non-invasive cancer diagnostics, but their concentration in body fluids is lower compared to tissue-specific microRNAs and their detection requires a highly sensitive platform. Most frequently used method of detection is quantitative real-time PCR. This method, however, displays decreased reproducibility when measuring microRNAs that are present at very low concentrations and there’s an ongoing issue with normalizing microRNA data. Digital PCR could be a more suitable method. The aim of this thesis is to compare both quantitative and digital PCR for detection of microRNAs in body fluids of solid cancer patients, and all commercially available platforms that use the concept of digital PCR.

Keywords

mikroRNA, digitální PCR, kvantitativní PCR, microRNA, digital PCR, quantitative PCR

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 4. 5. 2017

Thesis defence

• Date of defence: 9. 6. 2017
• Supervisor: doc. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Medical Genetics and Molecular Diagnostics