Analýza sérových mikroRNA u pacientů s renalním karcinomem

Mgr. Nikola Novotná

Bachelor's thesis

Analysis of microRNAs in serum of renal cell carcinoma patients

Abstract:

Jedním z nejmodernějších přístupů k molekulární charakterizaci renálního karcinomu (RCC) je analýza mikroRNA (miRNA). MiRNA mají schopnost post-transkripčně regulovat genovou expresi. Ze souboru 14 sér pacientů s potvrzenou diagnózou světlobuněčného renálního karcinomu (ccRCC) a 15 zdravých nenádorových sér byla byla vyizolována RNA obohacená o frakce miRNA v potřebném množství a kvalitě. Pomocí metody Real-Time PCR (RT-PCR) byla u všech vzorků stanovena expresní hladina pěti vybraných miRNA (miR-221, miR-222, miR-106b, miR-155, miR-210). Rozdíly v hladinách miR-221 (p=0,0001), miR-222 (p menší než 0,0001), miR-106b (p menší než 0,0001) a miR-155 (p=0,0164) byly statisticky významné, výjimkou byla hladina exprese miR-210 (p menší než 0,5412), která statistické významnosti nedosáhla. Exprese miR-222 byla signifikantně zvýšená v séru pacientů s RCC oproti séru nenádorových zdravých kontrol. Naopak hladiny exprese miR-221, miR-155 a miR-106b byly v séru pacientů s RCC snížené oproti hladině v séru zdravých nenádorových kontrol. Analýza porovnávající exprese jednotlivých miRNA v souboru pacientů s dobrou a špatnou prognózou bohužel neposkytla statisticky signifikantní výsledky: miR-221 (p=0,4822), miR-222 (p=0,1797), miR-106b (p=0,1102), miR-210 (p=0,4822). Pouze v případě exprese miR-155 (p=0,0639) byla detekována hraniční statistická významnost. V případě miR-222 jsme potvrdili výsledky prací, které dokumentují zvýšenou hladinu této miRNA v nádorové tkáni.

Abstract:

One of the most modern approaches to the molecular characterization of renal cell carcinoma (RCC) is the analysis od microRNA (miRNA). MiRNA have the ability to post-transcriptionally reglate gene expression. We isolated miRNAs in sufficient quality and quantity from a collection of 14 ccRCC (clear cell renal cell carcinoma) sera and 15 sera of healthy controls. Using Real-Time PCR (RT-PCR) we determined expression levels of five selected miRNAs (miR-221, miR-222, miR-106b, miR-155, miR-210). Differences in expression levels of miR-221 (p=0,0001), miR-222 (p less than 0,0001), miR-106b (p less than 0,0001) a miR-155 (p=0,0164) were statistically significant, the expression level of miR-210 (p less than 0,5412) was not. MiR-222 was significantly up-regulated in the sera of RCC patients in comparison with expression level of this miRNA in sera of healthy controls. On the contrary, the expression levels of miR-221, miR-155 and miR-106b were decreased in sera of RCC patients. Comparison of miRNA expression levels between sera of RCC patients with good and poor prognosis did not yield statistically significant results: miR-221 (p=0,4822), miR-222 (p=0,1797), miR-106b (p=0,1102), miR-210 (p=0,4822); only miR-155 expression (p=0,0639) was nearly significant. In the case of miR-222 we confirmed the results of studies describing up-regulation of miR-222 in tumor tissues.

Keywords

renální karcinom, mikroRNA/miRNA, VHL, nádorové supresory, onkogeny

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 13. 5. 2011

Thesis defence

• Date of defence: 13. 6. 2011
• Supervisor: doc. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry