Studium zaměnitelnosti kovových iontů v lektinu PA-IIL z lidského patogenu Pseudomonas aeruginosa

Bc. Tereza Michalíková

Bachelor's thesis

Study of metal ion interchangeability in PA-IIL lectin from Pseudomonas aeruginosa

Abstract:

The subject of interest of the bachelor thesis was the lectin PA-IIL produced by the bacterium Pseudomonas aeruginosa and characterized by an unusual binding mode mediated by two calcium ions, which participate in the interaction of the lectin with carbohydrates. The original aim of this work was to study the possibility of replacement of calcium ions in lectin PA-IIL by other divalent metal ions. However, as the first hemagglutination assay revealed an undesirable return of calcium ions to the lectin structure, attention has been focused on this problem. Experiments were performed in order to determine the most likely source of calcium ions, which appears to be sodium chloride, optionally erythrocytes. In conclusion, it can be declared, that hemagglutination is not a suitable method for studying the interchangeability of metal ions in the lectin PA-IIL.

Abstract:

Predmetom záujmu bakalárskej práce bol lektín PA-IIL produkovaný baktériou Pseudomonas aeruginosa, ktorý sa vyznačuje neobyčajným väzbovým módom sprostredkovaným dvoma vápenatými iónmi, ktoré participujú na interakcii lektínu so sacharidom. Pôvodným cieľom práce bolo štúdium možnosti zámeny iónov vápnika v lektíne PA-IIL inými dvojmocnými iónmi kovov. Nakoľko však bol pri testovaní aktivity získaného proteínu metódou hemaglutinácie odhalený nežiaduci návrat vápenatých iónov do štruktúry lektínu, pozornosť bola upriamená na uvedený problém. Experimenty boli vykonané v snahe určiť spomedzi štyroch možných zdrojov vápenatých iónov ten najpravdepodobnejší, za ktorý bol vo výsledku označený chlorid sodný, prípadne erytrocyty. V závere tak bolo možné konštatovať, že hemaglutinácia nie je vhodnou metódou pre štúdium zameniteľnosti kovových iónov v lektíne PA-IIL.

Keywords

lektín, PA-IIL, vápenaté ióny, Pseudomonas aeruginosa, hemaglutinácia, lectin, calcium ions, hemagglutination

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 1. 6. 2021

Thesis defence

• Date of defence: 7. 7. 2021
• Supervisor: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
• Reader: Mgr. Marek Korsák

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry