Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu trubkonosí u čápa simbila (Ciconia abdimii)

Ondřej KOPECKÝ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Procellariiformes in Abdim's Stork (Ciconia abdimii).

Abstract:

Tato bakalářská práce se soustředí na hledání polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa simbila (Ciconia abdimii) pomocí cross-species PCR amplifikace. Teoretická část této práce se zaobírá charakterizací řádu čápi, rozdíly mezi jednotlivými rody čeledě čápovití a také popisem samotného čápa simbila. Další kapitoly jsou zaměřené na charakterizaci mikrosatelitů a na jejich popsané polymorfní lokusy u druhů z řádu trubkonosí, které byly pomocí cross-species PCR amplifikace testovány u čápa simbila. Experimentální část se zabývá hledáním polymorfních lokusů v genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa simbila pomocí metody cross-species PCR amplifikace s použitím 213 párů mikrosatelitních primerů, z nichž 207 bylo navrženo pro zástupce z řádu trubkonosí, 5 párů pro zástupce z řádu dlouhokřídlí a poslední pár pro lesňáčka žlutonohého (Dendroica petechia) z řádu pěvci. Prostřednictvím této metody jsem nalezl 26 polymorfních mikrosatelitních lokusů s 2 až 6 alelami na lokus. U zbylých 187 lokusů byl detekován monomorfní produkt.

Abstract:

This bachelor thesis focuses on the search for polymorphic microsatellite loci in Abdim's Stork (Ciconia abdimii) using cross-species PCR amplification. The theoretical part of this thesis deals with the characterization of the order Ciconiiformes, the differences between the genera of the family Ciconiidae and also with description of the Abdim's stork. The next chapters are focused on the characterization of microsatellites and description of their polymorphic loci in species of the order Procellariiformes, which were tested in the Abdim's stork by cross-species PCR amplification. The experimental part deals with the search for polymorphic loci in the genomic DNA of 6 unrelated Abdim's stork individuals by using the cross-species PCR amplification method with 213 pairs of microsatellite primers, 207 pairs of which were designed for species of the order Procellariiformes, 5 for species of the order Charadriiformes and last pair for Mangrove Warbler (Dendroica petechia) from the order Passeriformes. By using this method I found 26 polymorphic microsatellite loci with 2 to 6 alleles per locus. A monomorphic product was detected in the remaining 187 loci.

Keywords

Čáp simbil, mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace, Ciconia abdimii, trubkonosí

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2022

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology