Identifikace bakterií rodu Nocardia pomocí sekvenace DNA

Mgr. Zuzana Plačková

Diplomová práce

DNA sequence-based identification of Nocardia genus bacteria

Anotace:

Práce se zabývá identifikací bakteriálních patogenů rodu Nocardia. Tedy určením pomalu rostoucích a obtížně kultivovatelných mikroorganismů, pro jejichž spolehlivé stanovení jsou mnohdy fenotypové metody nedostačující a zdlouhavé. K identifikaci a druhové klasifikaci těchto mikroorganismů se proto využilo sekvenační analýzy DNA, konkrétně úseku 16S. Tato metoda by měla významně urychlit a usnadnit správné určení druhu, které je důležité pro nastavení adekvátní antibiotické léčby.

Abstract:

The work deals with the identification of bacterial pathogens of Nocardia genus. That means with determining slowly growing and hardly cultivable microorganisms, where the determination by phenotypic methods is deficient and time-consuming. That's why is in this study used the DNA sequence analysis, concretely the 16S gene targeting, for the identification and species classification of these microorganisms. This method should dramatically accelerate and facilitate the precise determination of the species, which is important for setting up the sufficient antibiotic treatment.

Klíčová slova

sekvenace, gen 16S rRNA, Nocardia, identifikace, BLAST, polyfázický přístup

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 4. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 6. 2010
• Vedoucí: RNDr. Martin Bunček, Ph.D.

Univerzita Pardubice

Fakulta chemicko-technologická

Magisterský studijní program / obor:
Speciální chemicko-biologické obory / Analýza biologických materiálů