Detekce patogenních genetických variant pomocí sekvenování nové generace u dětských pacientů s mentální retardací

Bc. Hana Poláčková

Master's thesis

Detection of clinically relevant genetic variation by next generation sequencing in a patients with intellectual disability

Abstract:

Intelektuální opoždění vzniká jako následek poruchy vývoje nervové soustavy z různých, často neznámých příčin a celosvětově se řadí mezi jednu z hlavních nevyřešených otázek zdravotní péče. Problém diagnostiky tohoto postižení je v posledních letech úspěšně překonáván díky masivně paralelnímu sekvenování, které je schopno ve vysokém procentu případů odhalit genetickou podstatu opoždění. V rámci této diplomové práce bylo provedeno cílené sekvenování panelu genů „ClearSeq Inherited Disease“ (Agilent Technologies Santa Clara, CA, USA) u vybraných dětských pacientů s intelektuálním opožděním a jejich rodičů za účelem určení příčiny postižení těchto jedinců. Analýzou dat ze sekvenování byly u 4 pacientů detekovány sekvenční varianty, které mohou vysvětlit fenotyp daných probandů. U těchto jedinců, kteří byli již dříve diagnostikováni pomocí dostupných metod s negativním nálezem, se podařilo prostřednictvím masivně paralelního sekvenování odhalit příčiny intelektuálního opoždění.

Abstract:

Intellectual disability is a consequence of neurodevelopmental disorder, which occurs due to different causes, with an often unknown origin, and is globally classified as a one of main unsolved questions of health care. This disability’s problematic diagnostics is being successfully overcome by massive parallel sequencing, that has a high chance of detecting the genetic background of this disability. Within the scope of this thesis, specific gene panel sequencing using „ClearSeq Inherited Disease“ (Agilent Technologies Santa Clara, CA, USA) of indicated child patients with intellectual disability and their parents was performed in order to determine the cause of their disability. By analysis of sequencing data, phenotype explaining sequence variants were detected in 4 pacients. These 4 individuals had been tested by available methods with negative results, but the causes of their’s intellectual disability were successfuly diagnosed by massive parallel sequencing.

Keywords

Intelektuální opoždění, Masivně paralelní sekvenování, sekvenční varianta, Sangerovo sekvenování

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2019

Thesis defence

• Date of defence: 24. 6. 2019
• Supervisor: doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc.
• Reader: RNDr. Jitka Kadlecová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Medical Genetics and Molecular Diagnostics