Metody diagnostiky viru SARS-CoV-2

Eva HELMICHOVÁ

Bachelor's thesis

Methods for diagnosing SARS-CoV-2 virus

Abstract:

Tato bakalářská práce se zabývá studiem diagnostiky viru SARS-CoV-2. Jedná se o RNA koronavirus, který způsobuje onemocnění COVID-19. Bylo objeveno koncem roku 2019 v Číně a poté se onemocnění rozšířilo po celém světě. Toto onemocnění se projevuje těžkým kašlem, ztrátou chuti a čichu. V horších případech se projevuje zápalem plic. Diagnostika viru SARS-CoV-2 se provádí pomocí PCR testu, antigenních testů a testů na protilátky. Vyšetření antigenními testy je určeno pro rychlý screening přítomnosti viru. Test na průkaz protilátek je vhodný pro ověření prodělání nemoci, popř. jim zjistíme účinnost očkování a odolnost proti němu. Tyto vzorky se získají stěrem z nosohltanu, úst ze slin nebo krve. Odběr by měl být správný a důkladný pro analýzu viru SARS-CoV-2. Metoda PCR je pokládána za nejspolehlivější metodu pro diagnostiku viru SARS-CoV-2. Metoda nám umožňuje detekci viru na základě známých sekvencí a při použití vhodných primerů dojde k rozlišení jednotlivých variant virů. V práci je popsána morfologie, diagnostika viru SARS-CoV-2 a metodika PCR s přesným navržením primerů pro detekci SARS-CoV-2. Pomocí softwaru je provedeno srovnání genomů SARS-CoV-2 v dané mutované oblasti a vytipovaná místa, ve kterých se vzájemně liší.

Abstract:

This bachelor thesis deals with the study of SARS-CoV-2 virus diagnostics. It is an RNA coronavirus that causes COVID-19. It was discovered in late 2019 in China and then the disease spread around the world. This disease is manifested by severe cough, loss of taste and smell. In worse cases, it manifests as pneumonia.Diagnosis of SARS-CoV-2 virus is performed using PCR assays, antigenic assays, and antibody assays. Examination with antigenic tests is intended for rapid screening for the presence of the virus. The test for the detection of antibodies is suitable for verifying the disease, or we find out the effectiveness of vaccination and resistance to it. These samples are obtained by swabbing the nasopharynx, mouth from saliva or blood. Sampling should be correct and thorough for SARS-CoV-2 virus analysis.The PCR method is considered to be the most reliable method for diagnosing SARS-CoV-2 virus. The method allows us to detect the virus on the basis of known sequences and, using suitable primers, the individual variants of the viruses are distinguished. Morphology, diagnostics of SARS-CoV-2 virus and PCR methodology with precise primer design for SARS-CoV-2 detection are presented in this work. Using software a comparison of SARS-CoV-2 genomes in a given mutated region and selected sites in which they differ from each other is performed.

Keywords

SARS-CoV-2, RNA koronavirus, COVID-19, PCR, antigenní testy, test na průkaz protilátek, primery

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 3. 5. 2022

Thesis defence

• Supervisor: doc. RNDr. Miroslav Šíp, DrSc.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician