Epigenetické modifikace telomerového chromatinu rostlin

Mgr. Martin Lyčka

Bakalářská práce

Epigenetic modifications of plant telomeric chromatin

Anotace:

Cílem této bakalářské práce bylo přispět k objasnění struktury chromatinu telomer v kalusech, semenáčcích a listech rostlin Nicotiana tabacum a Arabidopsis thaliana. Teoretická část práce shrnuje nejnovější poznatky o epigenetických modifikacích a telomerách, včetně intersticiálních telomerových sekvencích, které komplikují analýzu pravých telomer. Většina praktické části je zaměřena na optimalizaci imunoprecipitace chromatinu a metod využitých pro stanovení podílu telomerové DNA v imunoprecipitovaných frakcích chromatinu výše zmíněných rostlin. Těmito metodami jsou hybridizace s radioaktivně značenou telomerovou sondou a kvantitativní PCR. Práce obsahuje první naměřené údaje z analýzy struktury telomerového chromatinu v pletivech tabáku a kalusech Arabidopsis thaliana a jsou prezentovány možnosti další optimalizace kvantifikace podílu telomerové DNA v imunoprecipitovaných frakcích.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis is to clarify chromatin structure of telomeres in callus cultures, seedlings and leaves of plants Nicotiana tabacum and Arabidopsis thaliana. The theoretical part of thesis summarize recent findings about epigenetic modifications and telomeres, including interstitial telomeric sequences presence of which complicates analysis of genuine telomeres. Practical part deals with the optimization of chromatin immunoprecipitation and methods for quantification of the telomeric DNA in immunoprecipitated fractions of chromatin. These methods are hybridization with radioactively labelled telomeric DNA probe and quantitative PCR. Preliminary data from the analysis of telomere chromatin structure of tobacco tissues and callus cultures of Arabidopsis thaliana are presented and ideas how to further optimize the quantification of telomeric DNA in immunoprecipitated fractions are discussed.

Klíčová slova

epigenetika, telomery, ITS, imunoprecipitace chromatinu, histonové modifikace, epigenetics, telomeres, chromatin immunoprecipitation, histone modifications

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 5. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2015
• Vedoucí: doc. Mgr. Miloslava Fojtová, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie