Analýza lokálních struktur in silico a jejich experimentální validace

Bc. Michal Morávek

Diplomová práce

In silico analyses of local DNA structures and its experimental validation

Anotace:

Křížové struktury a kvadruplexy jsou sekundární struktury DNA, které se často vyskytují v promotorech genů. Vznik těchto struktur reguluje průběh různých biologických procesů jako DNA replikace, oprava poškozené DNA, modelování chromatinu a dalších. Jejich tvorba je závislá na sekvenci DNA, přítomnosti specifických iontů nebo nadšroubovicovém vinutí DNA. V této práci se věnujeme studiu tvorby sekundárních struktur z rozdílných sekvencí a při různých podmínkách. Také jsme se zaměřili na vazbu proteinu p53 právě na tyto struktury. Výsledky byly získány pomocí programů Palindrom finder, G4 hunter a pomocí gelové retardační analýzy a AFM.

Abstract:

Cruciforms and quadruplexes are secondary DNA structures, which are often localized in gene promoters. Formation of these structures regulates biological processes such as DNA replication, DNA repair, chromatin modeling and more. Their formation is dependent on DNA sequence, presence of specific ions or superhelicity of DNA. In this work we study formation of secondary structures form different sequences and under different conditions. We also focused on p53 protein binding to these structures. Results were acquired from programs Palindrom finder, G4 Hunter and from gel retardation analysis and AFM.

Klíčová slova

křížová struktura, kvadruplex, genová stabilita, DNA, chromatin

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 5. 6. 2019
• Vedoucí: doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie