Vztah vybraných fenotypových plemenných hodnot a genomických znaků

Bc. Gabriela Mouchová

Master's thesis

Relation of selected phenotypic breeding values and genomic traits

Abstract:

Cílem diplomové práce bylo posoudit vztah vybraných exteriérových a užitkových ukazatelů k charakteristikám plemenných hodnot a genomických znaků u holštýnského skotu v podmínkách vybraných chovů v České republice. První část práce byla věnována charakteristice a histrorii holštýnského plemene. Jednotlivé kapitoly dále pojednávaly o genomickém hodnocení skotu, mléčné užitkovosti a exteriéru holštýnského skotu, a to včetně metodiky jeho hodnocení a vlivu exteriéru na mléčnou užitkovost. Genomická data poskytnutá firmou Inplem, s. r. o., byla doplněna z databáze plemenic společnosti Plemdat, s. r. o., o data mléčné užitkovosti a hodnocení exteriéru. Z kontroly užitkovosti byly získány údaje o první laktaci trvající 305 dní, kterou dosáhlo 571 prvotelek ze sledovaného souboru zvířat. Informace hodnocení exteriéru na první laktaci byla shromážděna u 940 zvířat. Získaná data byla vyhodnocena pomocí statistického programu SAS 9.4, kde byly zjišťovány Pearsovy korelační koeficienty. Byly zjištěny statisticky významné pozitivní vztahy mezi sledovanými genomickými předpověďmi a fenotypovými projevy shodných znaků mléčné užitkovosti. Vysoké korelace byly zjištěny mezi genomickým předpokladem a fenotypovým projevem u dojivosti (r = 0,48), procentuálního obsahu tuku (r = 0,65) a procentuálního obsahu bílkovin (r = 0,69). Středně silný vztah se dále potvrdil mezi fenotypovým projevem a genomickým předpokladem pro množství bílkovin (kg) (r = 0,38) a množství tuku (kg) (r = 0,32). U všech uvedených vztahů byla prokázána statistická významnost na hladině P < 0,01. Mezi sledovanými genomickými znaky exteriéru a skutečným utvářením těchto znaků byly potvrzeny pozitivní vztahy. Velmi významné korelace mezi genomickým předpokladem a fenotypovým projevem byly zjištěny u výšky v kříži (r = 0,47), délky struku (r = 0,42) a rozestupu zadních struků (r = 0,40). Střední až slabé vztahy pak byly zjištěny u celkového hodnocení exteriéru (r = 0,23) a souhrnných charakteristik, kterými jsou síla těla (r = 0,19), končetiny (r = 0,18) a vemeno (r = 0,17). Statistická významnost byla prokázána na hladině P < 0,01. Hypotéza byla potvrzena. Z dosažených výsledků lze konstatovat, že dojnice s vyšší genomickou plemennou hodnotou pro jednotlivé ukazatele mléčné produkce a exteréru odpovídaly vyšším fenotypovým ukazatelům.

Abstract:

The objective of the thesis was to assess the relationship of selected exterior and utility indicators to the characteristics of breeding values and genomic traits in Holstein cattle in the conditions of selected farms in the Czech Republic. The first part of the thesis was devoted to the characteristics and history of the Holstein breed. Individual chapters further discussed the genomic evaluation of cattle, milk yield, and exterior of Holstein cattle, including the methodology of its evaluation and the influence of exterior on milk yield. Genomic data provided by Inplem, s. r. o., were supplemented from the breeding database of Plemdat, s. r. o., on milk yield data and exterior evaluation. From the performance check, data of the first lactation were taken. This included 571 primiparous cows from the monitored group of animals and lasted 305 days. First lactation exterior score information was collected for 940 animals. The obtained data were evaluated using the SAS 9.4 statistical program, where Pears' correlation coefficients were determined. Statistically significant positive relationships between the observed genomic predictions and phenotypic manifestations of the same traits of milk productivity were found. High correlations were found between genomic predisposition and phenotypic expression for milk yield (r = 0.48), percentage fat content (r = 0.65), and percentage protein content (r = 0.69). A moderately strong relationship was further confirmed between the phenotypic expression and the genomic predisposition for the amount of protein (kg) (r = 0.38) and the amount of fat (kg) (r = 0.32). Statistical significance at the P < 0.01 level was demonstrated for all the relationships mentioned. Positive relationships were confirmed between the monitored genomic traits of the exterior and the actual formation of these traits. Very significant correlations between genomic predisposition and phenotypic expression were found for height at stature (r = 0.47), teat length (r = 0.42), and rear teat placement (r = 0.40). Moderate to weak relationships were then found for the overall evaluation of exterior (r = 0.23) and summary characteristics, which are body strength (r = 0.19), limbs (r = 0.18), and udder (r = 0.17). Statistical significance was demonstrated at the P < 0.01 level. The hypothesis was confirmed. From the results, it can be concluded that dairy cows with a higher genomic breeding value for individual milk production and exterior indicators corresponded to higher phenotypic indicators.

Keywords

dojený skot, genomika, exteriér, užitkovost

Keywords

dairy cattle, genomic, exterior, milk yield

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 4. 2023

Thesis defence

• Date of defence: 16. 5. 2023
• Supervisor: doc. Ing. Jaroslav Čítek, Ph.D.
• Reader: Luděk Bartoň, Bc., externi

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources

Master programme:
Animal Production