Variabilita nukleotidových sekvencí viru žluté zakrslosti cibule (OYDV) a experimentální okruh hostitelů

Zuzana Gorgolová

Diplomová práce

Variability of nucleotide sequences of Onion yellows dwarf virus (OYDV) isolates and their experimental host range

Anotace:

Virus žluté zakrslosti cibule (OYDV) je zástupcem rodu Potyvirus, čeleď Potyviridae. Jeho genetická informace je nesená jednovláknovou RNA s mRNA funkcí zakončenou polyadenylovaným koncem. Virový genom kóduje jeden polyprotein, který je virovými proteasami štěpen na 10 funkčních proteinů. OYDV je celosvětově rozšířeným patogenem rostlin rodu Allium. Mezi hostiteli je přenášen mšicemi neperzistentním způsobem. Typickým příznakem infekce rostliny virem je žlutá proužkovitost na listech. Infekce rostliny virem výrazně snižuje výnos a kvalitu plodin. Celkem bylo v této práci charakterizováno 12 izolátů OYDV z různých hostitelů a různého geografického původu, a to 3 izoláty získané z české cibule, 6 izolátů původem z českého česneku, 2 izoláty z česneků dovezených z Asie a 1 izolát původem z asijského Allium ampeloprasum. Byla stanovena hostitelská specifita jednotlivých izolátů, kdy bylo prokázáno, že izoláty získané z cibule jsou přenosné pouze na cibuli, kdežto izoláty získané z česneku (českého i asijského) jsou přenosné jak na česnek, tak s nižší úspěšností i na cibuli. Fylogenetická analýza založená na zjištění variability CP a NIb genů a NIa-Pro/NIb genů prokázala blízkou příbuznost ?cibulových? izolátů a jejich odlišnost od izolátů ?česnekových?. Stejně tak byla zjištěna odlišnost českých ?česnekových? izolátů od materiálů asijských. Asijské izoláty zkoumané v této práci byly podobné ostatním izolátům asijského původu. Zjištěné rozdíly jsou v souladu s původním hostitelským spektrem, jakož i s geografickým původem materiálů

Abstract:

Onion yellow dwarf virus (OYDV) is member of genus Potyvirus, family Potyviridae. The viral genetic information is carried by positive sense single-stranded RNA with polyA tail. The genom encodes one large polyprotein cut by viral proteases into 10 mature proteins. OYDV is worldwide pathogen of Allium sp. The virus is transmited by aphids in non-persistent manner. Typical symptoms of viral infection is yellow striping on leaves. The infection cause significant yield loss and production of low-quality bulbs. Set of 12 selected OYDV isolates was characterized in this work. It involves 3 Czech isolates from onion, 6 Czech isolates from garlic, 2 Asian isolates from garlic and 1 Asian isolate from Allium ampeloprasum. The host specifity was also studied. Viral isolates coming from onion are transmittable only to onions. Viral isolates from garlic are transmittable to garlic, but also with low probability to onions. Phylogenetic analysis based on variability of CP and NIb genes and NIa-Pro/NIb genes showed close relation of onion isolates and their difference from garlic isolates. It also showed differences between Czech isolates and Asian isolates. Isolates imported in consumable garlic from Asia were similar to other Asian isolates. The obtained data agree with original host range and with geographical origin of analyzed viral isolates

Klíčová slova

OYDV, česnek, cibule, Potyvirus

Keywords

OYDV, garlic, onion, Potyvirus

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2009
• Vedoucí: Dana Šafářová
• Oponent: Milan Navrátil

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie