Příprava komplexních proteinových vzorků před LC-MS/MS analýzou

Bc. Markéta Mecerodová

Master's thesis

Preparation of complex protein samples for LC-MS/MS analysis

Anotácia:

Příprava proteinového vzorku je klíčovým krokem celého proteomického experimentu. Kvůli různorodosti proteomu musí být metody přizpůsobeny rozmanitým koncentračním rozpětím proteinů nebo různým fyzikálněchemickým vlastnostem jednotlivých proteinů. Prezentovaná diplomová práce se zabývá optimalizací enzymatického štěpení komplexní proteinové směsi Arabidopsis thaliana před LC-MS/MS analýzou. Proteinová směs byla štěpena metodou FASP, ve kterých jsou použity ultrafiltrační jednotky pro eluci peptidů o vysoké čistotě. Pro vyhodnocení byly porovnány počty proteinových skupin a množství modifikací na jednotlivých replikátech. Ukázalo se, že nejvhodnější variantou proteinového štěpení je varianta kombinace enzymů trypsinu (4 hod) + trypsinu (4 hod) v pufru octanu amonného, pH 6.

Abstract:

The preparation of the protein sample is a key step in the proteomic experiment. Due to diversity of the proteom, the methods must be adjusted to various concentration ranges or different physico-chemical properties of individual proteins. The presented thesis deals with optimization of enzymatic digestion of complex protein mixture of Arabidopis thaliana before LC-MS/MS analysis. The protein mixture was cleaved by the FASP method in which ultrafiltration units for the high purity peptide elution are used. For evaluation, the numbers of protein groups and the amount of modifications in the individual replicates were compared. Combination of trypsin enzymes (4hrs) + trypsin (4hrs) in ammonium acetate, pH 6 buffer turned out to be the most appropriate combination for protein digestion.

Kľúčové slová

proteomika, protein, peptid, Arabidopsis thaliana, FASP, příprava vzorku, proteomics, peptide, sample preparation

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 5. 6. 2017
• Vedúci: doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry