Identifikácia chromozomálnych prestavieb v rodu Musa spp. s využitím Oxford Nanopore sekvencií

Bc. Simona MARTIKÁNOVÁ

Master's thesis

Identification of chromosomal rearrangements in Musa spp. using Oxford Nanopore sequencing

Anotácia:

Banánovník (Musa spp.) je rod bylín z čeľade Musaceae. Najdôležitejšie typy jedlých banánov pochádzajú z hybridizácie dvoch druhov: Musa acuminata a Musa balbisiana. Pozorovanie nepravidelností párovania chromozómov v meióze hybridov medzi týmito poddruhmi naznačovalo prítomnosť veľkých chromozomálnych štrukturálnych prestavieb, hlavne translokácií. Nanopórové sekvenovanie je prístup tretej generácie, ktorý umožňuje získanie DNA alebo RNA sekvencií. V tejto práci sme sa zamerali na použitie čítaní získaných s metódou Oxford Nanopore pre genóm banánovníka pre identifikáciu veľkých chromozomálnych translokácií a ich vizualizáciu.

Abstract:

Banana (Musa spp.) is a genus of herbs from the Musaceae family. The most important types of edible bananas come from the hybridization of two species: Musa acuminata and Musa balbisiana. Observation of chromosome pairing irregularities in meiosis of hybrids between these subspecies indicated the presence of large chromosomal structural rearrangements, mainly translocations. Nanopore sequencing is a third-generation approach that allows obtaining DNA or RNA sequences. In this work, we focused on using the Oxford Nanopore reads for the banana genome for a large number of chromosomal translocations and their visualization.

Kľúčové slová

Banánovník, translokácia, Oxford Nanopore sekvenovanie, chromozómy, genóm

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Mgr. Eva Hřibová, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Bioinformatics / Bioinformatics