Gelová elektroforéza značených oligonukleotidů

Bc. Klára Dosoudilová

Master's thesis

Gel electrophoresis of tagged oligonucleotides

Anotácia:

Diplomová práce se zabývá studiem oligonukleotidů (ODNs), značných pomocí směsi oxidu osmičelého a 2,2´-bipyridinu (Os,bipy) metodou gelové elektroforézy (GE) a metodou laserové ablace ve spojení s hmotnostní spektrometrií v indukčně vázaném plazmatu (LA-ICP-MS). Práce byla zaměřena na optimalizaci polyakrylamidové gelové elektroforézy za nedenaturujících podmínek pro studium krátkých ODNs, kdy byly analyzovány vybrané modelové pentamery, obsahující různý typ a počet pyrimidinových bází v řetězci. Studium bylo zaměřeno na adukty, vznikající reakcí Os,bipy se zmíněnými vzorky, které byly následně po separaci v gelu analyzovány na přítomnost osmia pomocí LA-ICP-MS.

Abstract:

Diploma thesis is based on the studies of oligonucleotides labeled with osmium tetroxide, 2,2´-bipyridine mixture (Os,bipy) by means of gel electrophoresis (GE) and laser ablation inductively coupled plasma mass spectrometry (LA-ICP-MS). The thesis is focused on optimization of native polyacrylamide gel electrophoresis for short oligonucleotides analysis. Selected samples, differed in type and number of pyrimidine bases in the chain, were analyzed after Os,bipy modification and the main interest was taken to osmium adducts formation. Consecutively, osmium content in the separated bands was proved by (LA-ICP-MS).

Kľúčové slová

polyakrylamidová gelová elektroforéza, polyacrylamide gel electrophoresis, LA-ICP-MS, nukleotidy, nucleotides, značené oligonukleotidy, labeled oligonucleotides, Os, bipy, pentamery, pentamers, pyrimidinové báze, pyrimidine bases

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 1. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 2. 2011
• Vedúci: Mgr. Miroslava Bittová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Chemistry / Analytical Chemistry