Typizace a identifikace aeromonád

Bc. Stanislava Králová

Diplomová práce

Typing and identification of Aeromonas

Abstract:

Genus Aeromonas consists of high number of valid recognized taxa, often showing unusuall or atypical properties, which results in difficult identification of these bacteria to the species level. In this work, 84 strains of aeromonads isolated from water and clinical samples have been characterized. With phenotypic methods only 40 % of all isolates could be identified. Number of reliable identifications among clinical strains was twice as high as among strains from environment (12 from 20 clinical strains compared to 18 from 64 environmental strains). The use of multiplex-PCR allowed identification of 89 % among all analysed strains. Another method, ERIC-PCR, approved to be usefull for detection of closely related or even identical strains. However, this method appeared to be inadvisable for identification of Aeromonas spp. Isolated strains were tested for presence and combination of two virulence genes: Act (enterotoxin) and Fla (flagellin). Both these factors were found in 42 % of all strains, what suggests significant pathogenic potential of these bacteria. Moreover, only 10 isolates possess neither of these virulence factors and all these strains were isolated from environmental samples.

Abstract:

Rod Aeromonas se skládá z vysokého počtu validně popsaných taxonů, často s neobvyklými nebo atypickými reakcemi, což se promítá do náročné druhové identifikace těchto bakterií. V rámci této práce bylo charakterizováno 84 kmenů aeromonád izolovaných z vod a humánního klinického materiálu. Fenotypizací bylo do druhů identifikováno 40 % všech izolátů, přičemž úspěšnost identifikace klinických izolátů byla dvojnásobně vyšší (identifikováno 12 z 20 kmenů), než environmentálních kmenů (identifikováno 18 z 64 kmenů). S použitím multiplex-PCR bylo možné identifikovat 89 % ze všech analyzovaných kmenů. Metoda ERIC-PCR se osvědčila jen jako vhodný typizační nástroj ve smyslu vyhledávání vysoce příbuzných až totožných kmenů, avšak jako nevhodná pro druhovou identifikaci aeromonád. Izolované kmeny byly testovány na přítomnost a kombinaci dvou genů virulence: Act (enterotoxinu) a Fla (flagelinu). Oběma faktory virulence současně disponovalo 42 % kmenů, což poukazuje na významný patogenní potenciál aeromonád. Jen 10 izolátů neobsahovalo ani jeden faktor virulence a všechny tyto kmeny byly environmentálního původu.

Klíčová slova

Aeromonas, biochemická identifikace, biochemical identification, typizace, typing, multiplex-PCR, ERIC-PCR, virulenční geny, virulence genes

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2014
• Vedoucí: doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Speciální biologie