Detekce poškození DNA pomocí piperidinového štěpení, reparačních enzymů a PCR.

Bc. Eva KLEMENSOVÁ

Master's thesis

Detection of DNA damage by means of piperidine cleavage, reparation enzymes and/or PCR.

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá účinkem azidu sodného a nitrofurantoinu na plasmidovou DNA. K detekci poškození byly použity dvě molekulárně - biologické metody a to detekce pomocí metody reparačních enzymů a pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Testy byly provedeny na plasmidu pPGM2, ve variantách in vitro a in situ. Po štěpení reparačními enzymy i po PCR proběhla agarózová gelová elektroforéza. Další metoda - piperidinové štěpení nebylo provedeno z časových důvodů. Obě tyto látky azid sodný i nitrofurantoin jsou používány jako standardy v Amesově testu. Podle literatury by mohl azid sodný způsobovat depurinaci DNA, nitrofurantoin křížové spoje DNA. K detekci poškození DNA byl použitý reparační enzym Endo V a při PCR Taq polymeráza. Poškození DNA bylo detekováno v in vitro testech, při těchto testech však nelze přímo zjistit, o jaký typ poškození se jedná. Při in situ testu k poškození plasmidové DNA zřejmě vůbec nedošlo.

Abstract:

This thesis deals with the effect of sodium azide and nitrofurantoin on the plasmid DNA. To detection of DNA damage were used two molecular - biological methods, respectively the detection by repair enzymes and by polymerase chain reaction (PCR). The tests were performed on plasmid pPGM2, in in vitro and in situ variants. Agarose gel electrophoresis was made after repair enzymes cleavage and the PCR. Another method - piperidine cleavage was carried out for time reasons. Both sodium azide and nitrofurantoin are used as standards in the Ames test. Sodium azide might lead to DNA depurination, nitrofurantoin to crosslinking of DNA according to the literature. To detect DNA damage was used repair enzyme Endo V and during the PCR was used Taq polymerase. DNA damage was detected in in vitro tests, however, these tests do not reveal the type of damage directly. Probably, DNA damage during in situ test never occurred.

Keywords

Poškození DNA, plasmid pPGM2, depurinace, křížové spoje, reparační enzymy, polymerázová řetězová reakce, agarózová gelová elektroforéza.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 6. 2012

Accessible from:: 22. 6. 2012

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Experimental Biology