Analýza transkriptomu v průběhu vývoje embrya Sorghum purpureosericeum

Bc. Tereza BOJDOVÁ

Diplomová práce

Transcriptome analysis of developing embryo of Sorghum purpureosericeum

Anotace:

Divoký druh čiroku Sorghum purpureosericeum může nad rámec své chromozomální sady obsahovat také nadbytečné B chromozómy, což jsou postradatelné elementy, které svým hostitelským organismům zpravidla neposkytují žádnou výhodu. B chromozómy S. purpureosericeum nejsou stabilní ve všech pletivech a během brzkého embryonálního vývoje dochází k jejich eliminaci ze všech pletiv kromě nediferenciovaných meristémů nadzemních orgánů. Cílem této práce bylo vytvoření referenční genomové sekvence S. purpureosericeum a transkriptomická analýza RNA-Seq dat embryí v různém stádiu vývoje za účelem selekce kandidátních genů, které jsou odlišně exprimovány a mohly by být zodpovědné za eliminaci B chromozómů.

Abstract:

The wild species Sorghum purpureosericeum can contain supernumerary B chromosomes in addition to its normal chromosomal set. B chromosomes are dispensable elements that typically provide no advantage to their host organisms. B chromosomes of S. purpureosericeum are not stable and are eliminated from all tissues except apical meristem during early embryonic development. The aim of this study was to create a reference genome sequence of S. purpureosericeum and perform transcriptomic analysis of RNA-Seq data from embryos at different stages of development in order to identify candidate genes that are differentially expressed and could be responsible for B chromosome elimination.

Klíčová slova

Sorghum purpureosericeum, B chromozómy, eliminace B chromozómů, transkriptomika

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Jan Bartoš, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biotechnologie a genové inženýrství / Biotechnologie a genové inženýrství