Studium funkce C-terminální domény Nab3 proteinu v kvasinkách

Bc. Michaela Twarógová

Master's thesis

Functional studies of the C-terminal domain of Nab3 in yeast

Abstract:

Nab3 protein je RNA-vázající protein, který je důležitou součástí terminace transkripce u nekódujících RNA. V modelovém organismu Saccharomyces cerevisiae je tento proces regulován Nrd1-Nab3-Sen1 proteinovým komplexem a je úzce spojen s následným procesováním a degradací nekódujících RNA jaderným exosomem a Trf4-Air2-Mtr4 polyadenylačním komplexem. Tato diplomová práce je zaměřena na funkční studii C-terminální domény u Nab3 proteinu. Speciální pozornost je zde věnována sledování exprese nekódujících RNA. Výsledky této práce ukazují, že C-term doména není stěžejní pro terminaci a procesování studovaných malých jadérkových RNA, ale v případě její inaktivace dochází k akumulaci jinak nestabilních a rychle degradujících RNA transkriptů. To naznačuje, že C-term doména zásadně neovlivňuje procesy regulující terminaci a následné procesování studovaných malých jadérkových RNA, ale naopak může být zapojena do regulačních mechanismů jiných, tzv. kryptických nestabilních RNA, které v organismu podléhají rychlé degradaci exosomem. Další kapitola této diplomové práce je zaměřena na přípravu proteinového vzorku obsahující C-term doménu pro NMR studie.

Abstract:

Nab3 is an RNA-binding protein that is involved in transcription termination of non-coding RNAs. In Saccharomyces cerevisiae, this termination pathway is mediated by Nrd1-Nab3-Sen1 protein complex, and it is tightly coupled to the 3’-end processing and degradation of non-coding RNAs by the nuclear exosome and the Trf4-Air2-Mtr4 polyadenylation complex. This diploma thesis focuses on the investigation of functional role of a novel C-terminal domain of Nab3 protein in the expression and stability of non-coding RNAs. The results suggest that the C-term domain is not crucial for termination and processing of studied small nucleolar RNAs, however an accumulation in production of cryptic unstable transcripts was observed upon its deletion. In summary, it is concluded that the C-term domain might not be involved in processing of studied small nucleolar RNAs, but it seems to mediate the degradation of cryptic unstable transcripts by the exosome. In addition, a chapter that describes preparation of the C-term protein for the NMR measurements is included.

Keywords

transcription termination, Nab3 protein, C-terminal domain, NNS protein complex, non-coding RNAs, Saccharomyces cerevisiae, RNA polymerase II, exosome

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 18. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 4. 6. 2015
• Supervisor: doc. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Analytical Biochemistry