Klinická proteomika: technologie, věda, nebo hudba budoucnosti?

Mgr. Monika Mudrochová, Ph.D.

Bachelor's thesis

Clinical proteomics: technology, science, or a thing of future?

Anotácia:

Tato bakalářská práce se zaměřuje na oblast klinické proteomiky. Diskutuje její cíle, možnosti uplatnění v klinické praxi i současné limitace. Hlavní část práce je věnována metodám používaným v klinické proteomice. Největší důraz je kladen na metodu SELDI-TOF MS („Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization“- laserová desorpce/ionizace s vylepšeným povrchem), která je široce využíváná pro proteinové profilování vzorků především za účelem vyhledávání nových biomarkerů. Existující limitace metody, jako nízká citlivost, špatná reprodukovatelnost a především nemožnost přímé identifikace proteinů, však její uplatnění v praxi omezují. Hlavním cílem experimentální části této práce byl vývoj a optimalizace metody pro identifikaci proteinů získaných ze SELDI studií. Principem nové metody, je postupná separace a purifikace proteinů s následnou identifikací tandemovou hmotnostní spektrometrií. Optimalizovaná metoda byla následně využita k identifikaci vybraných proteinů, jejichž hladina pozitivně korelovala s hladinou cytostatika LA-12 v krevní plazmě potkanů.

Abstract:

The Bachelor Thesis is focused on clinical proteomics, including its main goals, possibilities of its clinical applications and current limitations and challenges. The main part of the thesis is dedicated to the methods used in clinical proteomics with the highest emphases put on the SELDI-TOF MS method (Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization). SELDI-TOF MS is a proteomic method frequently used in clinical proteomics for protein profiling of samples, primarily in order to detect new biomarkers. It suffers from limitations like low sensitivity and low reproducibility. Its principal limitation is inability of direct protein identification. The main goal of experimental part of this Thesis was to develope and optimise the method applicable for identification of proteins obtained by SELDI method. The new method is in principle based on progressive separation and purification of proteins, which are subsequently identified by tandem mass spectrometry. Using this method we have identified several proteins positively correlating with the cytostatic agent LA-12 level in rat plasma.

Kľúčové slová

klinická proteomika, SELDI-TOF MS, dvourozměrná elektroforéza, proteinové mikročipy, iTRAQ-2DLC-MS/MS, SDS-PAGE elektroforéza, LA-12.

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2008
• Vedúci: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry