Bioinformatická analýza proteinů interagujících se Z- DNA

Kristyna SLYCHKO

Master's thesis

Bioinformatic analysis of proteins interacting with Z-DNA

Anotácia:

Z-DNA je jednou ze sekundárních struktur DNA. Na rozdíl od pravostranné B-DNA a A-DNA struktury, je Z-DNA levotočivá a tvoří se převážně v repeticích bohatých na střídavé pyrimidin-purinové sekvence. Proteiny, interagující se Z-DNA napomáhají při její stabilizaci, nebo in vitro při přechodu z B-DNA konformace do Z-DNA konformace. Z výsledků mé práce vyplývá, že proteiny interagující se Z-DNA obsahují velké množství aminokyselinových zbytků lysinu (K) a ochuzení cysteinu (C). Lysin hraje pravděpodobně důležitou roli při vazbě na Z-DNA struktury. Z výsledků aminokyselinových průniků triplex, G-kvadruplex a Z-DNA vazebných proteinů vycházejících ze studie Bartas, M. et al, (2021) byly zjištěny dva průniky. V případě obohacení aminokyselin se jednalo o kyselinu asparagovou (D) a v případě průniku ochuzení o aminokyselinu cystein (C).

Abstract:

Z-DNA is one of the secondary structures of DNA. Unlike right-handed B-DNA and A-DNA structure, Z-DNA is levorotatory and is formed predominantly in repetitions which are rich in alternating pyrimidine-purine sequences. Proteins interacting with Z-DNA aid in its stabilization, or in vitro in the transition from the B-DNA conformation to the Z-DNA conformation. The results of my work show that proteins interacting with Z-DNA contain a large number of amino acid residues lysine (K) and cysteine depletion (C). Lysine probably plays an important role in binding to Z-DNA structures. From the results of amino acid intersections of triplex, G-quadruplex and Z-DNA binding proteins based on the study of Bartas, M. et al, (2021), two intersections were found. In the case of amino acid enrichment, it was aspartic acid (D) and in the case of penetration of depletion it was cysteine (C).

Kľúčové slová

Z-DNA, Z?/Z? doména, proteiny interagující se Z-DNA, aminokyselinové složení

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 5. 2021

Zverejniť od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2021
• Vedúci: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Experimental Biology