Genotypizace izolátů Escherichia coli z potravin

Bc. Martin OVEČKA

Diplomová práce

Genotypic Characterization of Escherichia coli Isolated from Food

Anotace:

Escherichia coli je přirozenou součástí střevní mikroflóry teplokrevných živočichů, včetně člověka. Člověku je prospěšná nejenom produkcí látek působící antimikrobně vůči patogenním bakteriím, ale i účastí na tvorbě určitých vitamínů. Některé kmeny E. coli jsou ovšem patogenní a mohou způsobovat řadu intestinálních či extraintestinálních onemocnění. Cílem praktické části bylo provést u izolátů E. coli z potravin rozřazení do fylogenetických skupin (A, B1, B2, D), detekovat faktory virulence iss, papC, neuC, iucD, tsh, vat, u vybraných kmenů E. coli dále VT1, VT2, CNF1, CNF2, ST1, ST2, LT1, eaeA, Einv a Eagg a u kolicinogenních kmenů detekovat typ bakteriocinu (24 kolicinů a 8 mikrocinů), to vše metodou PCR. Fylogenetickou analýzou byla v potravinách prokázána přítomnost kmenů E. coli náležejících do virulentních extraintestinálních skupin B2 a D. Genotypizací byl rovněž potvrzen výskyt genů iss, papC, neuC, IucD, tsh, vat a eaeA. U kolicinogenních kmenů E. coli byla prokázána přítomnost genů na produkci mikrocinu V a kolicinů B, M, U, Y, Ia, Ib, E1, E2, E7 a E8.

Abstract:

Escherichia coli is a natural part of the intestinal microflora of warm-blooded animals, including humans. Man is beneficial not only to the production of antimicrobial compounds active against pathogenic bacteria, but also participation in the creation of certain vitamins. Some strains of E. coli, however, are pathogenic and can cause a variety of intestinal or extraintestinal diseases. The aim of this work was to classify E. coli isolates from food to the phylogenetic groups (A, B1, B2, D), detect virulence factors iss, papC, neuC, iucD, tsh, vat, with selected strains of E. coli further VT1, VT2, CNF1, CNF2, ST1, ST2, LT1, eaeA, Einv and Eagg and detect the type of bacteriocin of colicinogenic strains (24 colicins and 8 microcins), by PCR method. Phylogenetic analysis showed the presence of E. coli belonging to the virulent extraintestinal group B2 and D in food. The presence of iss, papC, neuC, IucD, tsh, vat and eaeA genes was confirmed by genotyping. The production of microcin V and colicins B, M, U, Y, Ia, Ib, E1, E2, E7, and E8 was showed in colicinogenic E. coli strains.

Klíčová slova

Escherichia coli, PCR, fylogenetické skupiny, faktory virulence, bakteriociny

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 5. 2013

Zveřejnit od: 2. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně

Fakulta technologická

Magisterský studijní program / obor:
Chemie a technologie potravin / Technologie, hygiena a ekonomika výroby potravin