Racionální návrh selektivních inhibitorů enzymu lidské karbonické anhydrázy IX

Bc. Vojtěch Vařečka

Bachelor's thesis

Rational design of selective inhibitors of human carbonic anhydrase IX

Abstract:

Tato práce se zabývá tématem efektivní, selektivní inhibice s rakovinou spojeného enzyme lidské karboanhydrázy IX. Inhibitory na bázi benzensulfonamidů s s-triazinovým motivem, označené předchozími pracemi jako v tomto směru slibné, byly posouzeny pomocí metod výpočetní chemie. Konkrétně byly zkombinovány přístupy molekulárního dokování a molekulové dynamiky za účelem odhalení možných vazebných pozic vybrané sady ligandů. Výsledné predikované pozice poskytují vhled do interakcí hCA IX s jejími ligandy a zavdávají podklad pro navazující experimentální výzkum tohoto problému.

Abstract:

This work concerns the topic of cancer-associated human carbonic anhydrase IX effective and selective inhibition. Benzensulphonamide inhibitors with s-triazine motif, indicated as promising targets in that regard by previous studies, were assessed with the use of computational chemistry methods. Namely, molecular docking and Molecular Dynamics approaches were combined, to discern binding poses of the select ligand molecules ensemble. The resulting binding pose predictions provide an insight into hCA IX-ligand interactions, justifying future experimental inquiry.

Keywords

karboanhydráza IX, molekulární dokování, molekulová dynamika, benzensulfonamidy, komplex protein-ligand, carbonic anhydrase IX, molecular docking, molecular dynamics, benzensulphonamides, protein-ligand complex

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 6. 2021

Thesis defence

• Date of defence: 28. 6. 2021
• Supervisor: RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D.
• Reader: Mgr. Jan Novotný, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Chemistry / Biophysical Chemistry