Analýza vybraných polymorfných cross - species mikrosatelitov pre determináciu paternity u takatry tmavej (Scopus umbretta).

Andrea SLÁVIKOVÁ

Bakalářská práce

The analysis of selected polymorphic cross-species microsatellites for determination of paternity in Hammerkop (Scopus umbretta).

Anotace:

Táto bakalárska práca sa zameriava na hľadanie polymorfných mikrosatelitov u druhu takatra tmavá, ktoré budú ďalej využité k určeniu paternity u tohto druhu. Metódou cross-species PCR amplifikácie som otestovala všetkých 386 mikrosatelitov, ktoré sú známe od príbuzných radov: veslonožce, brodivce, plameniaky, potáplice, potápky a takisto som testovala aj niektoré mikrosatelity od nepríbuzných radov, konkrétne tučniaky, zúbkozobce a bahniaky. Teoretická časť obsahuje informácie o typoch repetícií so zameraním na mikrosatelity, ich vznik, vývoj a využitie. V praktickej časti som analyzovala všetky mikrosatelity. Celkovo som našla 23 polymorfných mikrosatelitov s počtom aliel v rozmedzí od 2 do 5. Priemerný počet aliel na lokus je 2,43. Zo všetkých primerov sa najlepšie amplifikovali práve mikrosatelity z radov Pelecaniformes a Ciconiiformes. Z údajov, ktoré som získala v praktickej časti je podľa tradičného systému takatra priama príbuzná s radom veslonožce a podľa amplifikovaných polymorfných mikrosatelitov je vzdialenejšia príbuzná s brodivcami a plameniakmi. Podľa nového systému je takatra bližšia príbuzná s pelikánmi a veslonožcami, vzdialenejšia príbuzná s bocianmi, brodivcami a plameniakmi a veľmi vzdialená príbuzná z faetónmi.

Abstract:

This bachelor thesis is focused to find polymorphic microsatellites in Hamerkop, which will use in determination of paternity in this species. Using cross-species PCR amplification I tested all primers known in releated orders of birds: Pelecaniformes, Ciconiiformes, Phoenicopteriformes, Gaviiformes and Podici-pediformes, and similarly I tested several microsatellites from unreleated orders Sphenisciformes, Anseriformes and Charadriiformes. The theoretical section contains information about the types of repeats focused on microsatellites, their origin, development and utilization. In the practical part I analysed all microsatellites. Generally, I found 23 polymorphic microsatellites and their number of alleles ranged from 2 to 5. The average number of alleles per locus is 2.43. From all of primers the best amplified microsatellites are from Pelecaniformes and Ciconiiformes. The data that I obtained in the practical part suggest that Hamerkop is direct relative of order Pelecaniformes and also by amplified polymorphic microsatellites is close relative of Ciconiiformes and Phoenicopteriformes in traditional system. According to the new system is Hamerkop relative of order Pelecaniformes and Phalacrocoraciformes, distant relative of Ciconiiformes, Ardeiformes and Phoenicopteriformes and very distant relative of Phaethontiformes.

Klíčová slova

mikrosatelity, polymorfizmus, takatra tmavá, cross-species PCR amplifikácia

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 7. 2012

Zveřejnit od: 26. 7. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie