Vyšetření laktózové intolerance metodou sekvenování

Petra JAVŮRKOVÁ

Bachelor's thesis

Examination of lactose intolerance by DNA sequencing

Abstract:

Laktózová intolerance patří mezi nejčastější potravinové intolerance. Je způsobena úbytkem enzymu laktázy v epitelu tenkého střeva, což vede k nedostatečnému zpracování laktózy přijaté potravou a jejímu hromadění. Úbytek laktázy může být buď vrozený, primární nebo sekundární. První dva zmíněné typy jsou podmíněny geneticky. Velký zájem o tuto problematiku v posledních letech vedl k identifikaci polymorfismů, které jsou za laktózovou intoleranci zodpovědné. V evropské populaci se vyskytují dva nejvýznamnější polymorfismy asociované s laktózovou intolerancí: C/T-13910 a G/A-22018. Patří tedy k prakticky jediným vyšetřovaným polymorfismům v naší populaci. Každý známý SNP je označen dle NCBI identifikačním číslem (ID), podle kterého může být identifikován a dohledán v genových databázích, odborných publikacích apod. Polymorfismus C/T-13910 je dle NCBI označován kódem rs4988235 a G/A-22018 kódem rs182549. Zatímco ale o dopadu homozygotního i heterozygotního genotypu na jedince v obou polymorfismech víme, v odborné literatuře se téměř nelze dočíst o kombinovaném genotypu. V praktické části této bakalářské práce jsem se proto zaměřila mimo jiné na jedince, kteří jsou homozygotní pouze v jednom z polymorfismů. Všichni pacienti byli vybráni na základě předběžných výsledků získaných pomocí metody PCR-RFLP a byli znovu vyšetřeni druhou nezávislou metodou, sekvenováním. Soubor tvořilo celkem 20 vzorků s různým genotypy, z nichž poloviční zastoupení měl právě genotyp kombinovaný. Na základě porovnání výsledků získaných metodou sekvenování a metodou PCR-RFLP byly zjištěny neshody u 20 % vzorků. Po porovnání obou výše zmíněných diagnostických přístupů v diskusi jsem zhodnotila metodu sekvenování jako spolehlivější, na straně druhé je tato metoda náročnější na technické vybavení laboratoře a je také nákladnější než metoda PCR-RFLP. Také z tohoto důvodu se sekvenování pro rutinní diagnostiku laktózové intolerance nepoužívá.

Abstract:

Lactose intolerance is one of the most common food intolerances. It is caused by decrease of lactase enzyme in the small intestine epithelium, which leads to insufficient lactose metabolism and its accumulation. Lactase loss may be congenital, primary or secondary. The first two types are genetically conditioned. Large interest of this issue in the last few years has led to identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) which are associated with lactose intolerance. Within European population, two most significant polymorphisms keep occurring: C/T-13910 and G/A-22018. Owing to the fact, these are practically the only ones that are examined in European population. Each SNP is identified by NCBI and has its own identification number (ID), by which it can be identified and traced in gene databases, professional publications, etc. Polymorphism C/T-13910 is coded as rs4988235 and G/A-22018 as rs182549. While the impact of homozygous and heterozygous genotypes in both polymorphisms on individuals is widely known, there is very little information about the combined genotype in the professional literature. In the practical part of the bachelor thesis I focused beside other analysis on individuals who are homozygous only in one of the polymorphisms. All patients were firstly selected based on preliminary results obtained by PCR-RFLP method and then re-examined by another independent method, known as sequencing. The final compilation consisted of 20 samples with different genotypes, in half of which combined genotypes were presented. Based on comparison of sequencing results and PCR-RFLP results, some discrepancies were found in 20 % of presented samples. After comparing both mentioned diagnostic approaches in the discussion, I have evaluated the sequencing method more reliable. On the other hand, sequencing method is more demanding in terms of laboratory equipment and is also more expensive than the PCR-RFLP method. For this reason, sequencing is not used for routine diagnosis of lactose intolerance.

Keywords

Laktózová intolerance, LCT, MCM6, polymorfismus C/T-13910, polymorfismus G/A-22018, Sangerovo sekvenování, PCR-RFLP

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 3. 5. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Dagmar Riegert Bystřická, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician