Statická a dynamická vizualizace tunelů v molekulách proteinů

Mgr. Barbora Kozlíková, Ph.D.

Rigorózní práce

Statická a dynamická vizualizace tunelů v molekulách proteinů (in Czech)

Anotace:

Analýza proteinových struktur hraje významnou úlohu při snaze pochopit biologické procesy probíhající v živých organismech. Prozkoumáním struktury proteinů je pak možné urychlit například návrh nových léků. Cílem je najít v molekule cesty z povrchu proteinu do jeho tzv. aktivního místa, které mohou být využity pro vstup molekuly substrátu do proteinu. V aktivním místě pak mohou probíhat chemické reakce mezi vstupující molekulou a samotným proteinem. Tato práce se zabývá vizualizací těchto spočtených cest. Součástí je nejen popis již existujících technik, ale zejména nových metod, které by usnadnily a vylepšily práci biochemiků s těmito strukturami. Právě zobrazení výsledků analýzy tedy tvoří nepostradatelnou součást celého procesu.

Abstract:

When the biochemists are trying to understand all the biological processes and functions of live cells, the protein analysis plays a crucial role in their efforts. It is important mainly in the process of drug design. Our aim is to find some paths from the outside of the protein molecule to the active site where all the chemical reactions between the entering molecule and the protein can undergo. The topic of this thesis is linked with the visualization of computed paths. It includes not only the existing techniques but mainly some new methods, which can enhance the work of biochemists. So the visualization of the results is necessary in the whole process.

Klíčová slova

protein, vizualizace, cesta, tunel, triangulace protein, visualization, path, tunnel, triangulation

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 6. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2008

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Rigorózní řízení / obor:
Informatika / Informatika