Modelování a anotace funkčních modulů sinice

Bc. Františka Romanovská

Bachelor's thesis

Modelling and annotation of functional modules of cyanobacteria

Anotácia:

V první kapitole vysvětlujeme důležité informatické pojmy a biologické procesy týkající se této práce, především online platformy e-cyanobacterium.org a mechanismus koncentrace uhlíku. V druhé kapitole představujeme dva modely – Clark et al. 2014 a Fridlyand et al. 1995. Oba modely popisují mechanismus koncentrace uhlíku u sinic. Tyto modely jsme implementovali na portál e-cyanobacterium.org. Implementace je taktéž popsána v této kapitole, stejně jako zhodnocení stavu biochemického prostoru před jejím uskutečněním. Poslední kapitola je věnována modifikaci biochemického prostoru. Popisujeme v ní pracovní postup anotace modelů a prezentujeme ho na případové studii implementovaných modelů zmíněných výše. Popisujeme také konzistenci anotací modelů a anotací biochemického prostoru a představujeme skripty pro automatickou kontrolu těchto anotací.

Abstract:

In the first chapter we explain important informatics terms and biological processes relevant to this work, especially online platform e-cyanobacterium.org and carbon concentrating mechanism. Then, we introduce two models – Clark et al. 2014 and Fridlyand et al. 1995, in the second chapter. Both models describe carbon concentrating mechanism in cyanobacteria and we implemented them on e-cyanobacterium.org. The implementation is also described in this chapter, as well as evaluation of biochemical space before the implementation. The last chapter is dedicated to the modification of biochemical space. We describe workflow of model annotation and present it on case study of the two implemented models mentioned above. We also describe consistency of model annotation and of biochemical space annotation and introduce scripts for automated check of these consistencies.

Kľúčové slová

e-cyanobacterium.org, biologický model, mechanismus koncentrace uhlíku, biochemický prostor, biological model, carbon concentrating mechanism, biochemical space

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 30. 6. 2017
• Vedúci: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Matej Hajnal

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics